Ngay sau khi sự việc xảy ra (ngày 24/3), đại diện của hãng tiếp cận với cơ quan điều tra của Nhật. Sáng 26/3, đại diện hãng tiếp tục làm việc với cảnh sát Tokyo để cung cấp thông tin và tài liệu cần thiết. Chiều cùng ngày, lãnh đạo của VNA có buổi làm việc với Bộ Công an Việt Nam để tiếp tục phối hợp điều tra.
Trước đó, từ ngày 27/2, báo chí Nhật đăng tin một thành viên phi hành đoàn của VNA bị tình nghi mang hàng xách tay có nguồn gốc trộm cắp tại Nhật Bản. Trong thông cáo chiều 26/3, hãng bay này khẳng định không bao che, tránh né, kiên quyết xử lý nghiêm.
Đồng thời, VNA cũng kiểm tra và chấn chỉnh lại quy định, tiêu chuẩn liên quan để ngăn chặn việc mang hàng hóa sai quy định trong quá trình thực hiện nhiệm vụ.