Theo Tờ trình của Bộ Tài chính, mục tiêu xây dựng Nghị định mới thay thế Nghị định 43 là tạo lộ trình xoá bỏ bao cấp Nhà nước qua giá, phí dịch vụ sự nghiệp công như hiện nay theo hướng tính đủ tiền lương, chi thường xuyên phù hợp với khả năng của ngân sách nhà nước và thu nhập của người dân.
Theo lộ trình nêu trong Dự thảo Nghị định mới, đến năm 2015, mức giá tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp; đến năm 2016, tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp và chi phí quản lý (chưa tính chi phí khấu hao tài sản cố định); đến năm 2018 mức giá tính đủ chi phí, tích lũy hợp lý. Đối với giá dịch vụ công không sử dụng ngân sách nhà nước thì đơn vị tự xác định theo nguyên tắc thị trường.
Bộ trưởng Tài chính Đinh Tiến Dũng cho rằng trọng tâm thực hiện đổi mới cơ chế tài chính sự nghiệp công là xây dựng giá, phí dịch vụ sự nghiệp công theo nguyên tắc thị trường, đảm bảo sự cạnh tranh bình đẳng giữa các đơn vị sự nghiệp nói chung, đồng thời chấp nhận giải thể các đơn vị sự nghiệp công lập hoạt động không hiệu quả.
Những đơn vị sự nghiệp công lập đã đủ điều kiện tự chủ thực hiện nhiệm vụ, tài chính, tổ chức bộ máy, nhân sự có thể chuyển sang hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp, được Nhà nước đặt hàng cung cấp dịch vụ công theo giá tính đủ chi phí, gồm cả chi phí khấu hao tài sản.
Cùng dự tại cuộc họp, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam nhấn mạnh, cần có một thiết chế để “tạo sức ép” thực hiện việc tự chủ đối với các đơn vị sự nghiệp trong bối cảnh vẫn còn một số Bộ, ngành, địa phương chưa quyết tâm thực hiện. Cần quan tâm tới việc đảm bảo quyền tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập về biên chế, bộ máy và tiền lương trong khi những quy định về thẩm quyền tuyển chọn, sa thải viên chức của người đứng đầu đơn vị sự nghiệp công lập vẫn còn vướng với Luật Công chức, viên chức hiện hành.
Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh cũng cho rằng, việc thiết kế Nghị định, cần theo hướng thúc đẩy hoạt động sự nghiệp nói chung, đồng thời tạo động lực cho đơn vị sự nghiệp công lập đổi mới hoạt động. Dự thảo Nghị định cần vận dụng tối đa các quy định hiện hành như cổ phần hoá, giải thể, hợp tác công tư trong cung cấp dịch vụ sự nghiệp công…Về giá, phí dịch vụ sự nghiệp công, tiến hành theo lộ trình đối với loại hình dịch vụ chưa đủ khả năng tính đầy đủ chi phí; tiến hành ngay đối với loại hình dịch vụ có thể tính đủ chi phí hay tính đủ cả tích luỹ hợp lý vào giá.