Qua thanh tra tại Kho bạc Nhà nước (KBNN) ở 8 tỉnh, thành phố và Sở giao dịch cho thấy một số trường hợp hạch toán và điều tiết thu NSNN giữa NSTW và NSĐP không đúng quy định. Tổng số tiền điều tiết không đúng hơn 130 tỷ đồng. Kiểm tra trên báo cáo thu NSNN của KBNN, còn một số địa phương khác điều tiết một số khoản thu ngân sách sai quy định (từ năm 2010 đến tháng 6/2012) với tổng số tiền trên 78,4 tỷ đồng.
Mặt khác, TTCP còn phát hiện KBNN TPHCM, Bà Rịa - Vũng Tàu chưa thực hiện đúng về thủ tục, hồ sơ tạm ứng. Một số nơi khác phân bố tạm ứng cho các dự án không có trong danh mục dự án được Bộ Tài chính phê duyệt. Việc quản lý, thu phí ứng vốn chưa kịp thời, còn để xảy ra tình trạng chậm nộp về KBNN. Ngoài ra, TTCP cũng chỉ ra những tồn tại, vi phạm trong công tác quản lý, điều hòa vốn KBNN; kiểm soát chi NSNN qua kho bạc; quản lý các quỹ tài chính nhà nước và đôn đốc thu nộp các khoản tạm thu, tạm giữ.
Theo đó, TTCP kiến nghị KBNN chỉ đạo các đơn vị trực thuộc nộp về tài khoản tạm giữ của TTCP số tiền gần 4,5 tỷ đồng; giảm trừ quyết toán gần 14 tỷ đồng; thu hồi về tài khoản của chủ đầu tư mở tại KBNN để kiểm soát chi với số tiền hơn 6 tỷ đồng. Đồng thời đề nghị UBND TPHCM và Bà Rịa - Vũng Tàu thu hồi về quỹ tài chính nhà nước 475 tỷ đồng từ việc cổ phần hóa các doanh nghiệp.
