Trong số này, có 11 bị can bị truy tố tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” (7/11 bị can còn bị truy tố thêm tội “Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng”). Đối với 25 bị can khác, bị truy tố tội “Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng”.
Theo cáo trạng, ngày 6/9/2012 Ngân hàng TrustBank (sau này đổi tên là Ngân hàng VNCB) được Ngân hàng Nhà nước chấp thuận chủ trương tái cơ cấu. Ngân hàng này bị Ngân hàng Nhà nước đặt vào tình trạng kiểm soát và mọi giao dịch có giá trị từ 5 tỉ đồng trở lên đều phải có ý kiến của Tổ giám sát- Ngân hàng Nhà nước.
Tuy nhiên, bằng việc lợi dụng nắm quyền chi phối và ở vị trí là Chủ tịch HĐQT, Phạm Công Danh đã chỉ đạo thuộc cấp thực hiện các hành vi phạm tội, gây tổng thiệt hại cho VNCB hơn 9.000 tỷ đồng.
Cụ thể, bị can Phạm Công Danh đã chỉ đạo, tổ chức thực hiện lập hồ sơ khống về việc nâng cấp hệ thống Corebanking gây thiệt hại cho Ngân hàng xây dựng hơn 63 tỷ đồng; chỉ đạo, tổ chức thực hiện lập hồ sơ khống về việc thuê trụ sở tại 268 Tô Hiến Thành và 816 Sư Vạn Hạnh, Quận 10, TP. Hồ Chí Minh gây thiệt hại hơn 581 tỷ đồng; chỉ đạo rút gần 5.200 tỷ đồng tại VNCB nhưng không được sự đồng ý và không có chữ ký của chủ tài khoản Trần Ngọc Bích tại VNCB trên các Ủy nhiệm chi và rút 300 tỷ đồng tại VNCB không có hồ sơ vay (liên quan đến 6 sổ tiết kiệm của 3 cá nhân thuộc nhóm Trần Ngọc Bích); chỉ đạo việc phát hành, ủy thác đầu tư trái phiếu trái quy định, gây thiệt hại cho VNCB hơn 900 tỷ đồng. Tổng thiệt hại ở các hành vi trên của Phạm Công Danh là hơn 7.000 tỷ đồng.
Đối với tội vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng, trong thời gian từ ngày 28/12/2012 đến ngày 11/3/2014, Phạm Công Danh và các đồng phạm đã gây thiệt hại cho VNCB tổng số tiền là gần 2.100 tỷ đồng. Phạm Công Danh, đã tổ chức nhiều cuộc họp để chỉ đạo thuộc cấp sử dụng pháp nhân của 14 công ty để xây dựng các bộ hồ sơ kinh doanh mua bán nguyên vật liệu khống, phương án trả nợ khống, lập các biên bản họp HĐQT không có thật; sử dụng các lô đất thuộc Sân vận động Chi Lăng, Đà Nẵng và lô đất tại 209 Trường Chinh, Đà Nẵng (thực chất là đất của Tập đoàn Thiên Thanh), chỉ đạo định giá nâng giá trị các lô đất lên nhiều lần làm tài sản đảm bảo; chỉ đạo sử dụng tiền vay trái với phương án và mục đích kinh doanh; chỉ đạo 15 cá nhân chuyển khoản hoặc rút tiền mặt trái phép bằng các hồ sơ vay VNCB với số tiền là 4.700 tỷ đồng để trả nợ cho Ngân hàng BIDV 2.600 tỷ đồng (thay cho các Công ty của Tập đoàn Thiên Thanh vay trong khoản vay 4.700 tỷ đồng của BIDV); trả nợ cá nhân của ô Danh số tiền 500 tỷ đồng; trả nhóm đối tác Phú Mỹ 135 tỷ đồng (cho việc mua cổ phần); số còn lại 1.465 tỷ đồng, Phạm Công Danh khai chi chăm sóc khách hàng nhưng không giải trình được cụ thể.
