Theo văn bản số 11206 của Văn phòng Chính phủ về việc đảm bảo an ninh, trật tự và an toàn giao thông tại khu vực trạm thu phí cầu Bến Thủy, tỉnh Hà Tĩnh gửi Bộ GTVT, tỉnh Nghệ An và Hà Tĩnh về đề nghị của Bộ GTVT tại văn bản số 1464/BGTVT-TC, ngày 9/12/2016 về việc người dân chặn cầu Bến Thủy phản đối trạm thu phí, Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình có ý kiến như sau: Giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với UBND các tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh và nhà đầu tư rà soát việc thực hiện các dự án nâng cấp, mở rộng QL1 theo hình thức BOT đoạn qua địa bàn hai tỉnh; tính toán, điều chỉnh có mức thu phí phù hợp đối với người dân có hộ khẩu thường trú tại huyện Nghi Xuân và TX Hồng Lĩnh (Hà Tĩnh) khi có phương tiện ô tô đi qua trạm thu phí cầu Bến Thủy.
Phó Thủ tướng cũng chỉ đạo kiểm tra, làm rõ nội dung kiến nghị của người dân về vị trí đặt trạm thu phí không phù hợp (người dân không tham gia trên các tuyến đường BOT nhưng vẫn phải trả phí cho nhà đầu tư), có hay không có dấu hiệu lợi ích nhóm dành ưu tiên cho nhà đầu tư không đúng quy định, gây ảnh hưởng đến quyền lợi của người dân (nếu có phải có biện pháp giải quyết khắc phục ngay), báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước ngày 20/1/2017.
Đối với UBND các tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh, Phó Thủ tướng yêu cầu phối hợp chặt chẽ với các đơn vị của Bộ GTVT và nhà đầu tư tiếp nhận phản ánh của người dân, giải thích rõ việc thực hiện quy định của pháp luật về phí và lệ phí cũng như việc bổ sung công tác quản lý, khai thác, bảo tồn cầu Bến Thủy cũ vào hợp đồng BOT xây tuyến tránh thành phố Vinh và nâng cấp QL1 đoạn cầu Bến Thủy 2, có biện pháp xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật đối với những trường hợp cố tình gây rối làm mất an ninh, trật tự và an toàn giao thông trên địa bàn.
Tại phiên thảo luận của kỳ họp thứ 3 HĐND tỉnh Hà Tĩnh khóa XVII ngày 13/12, Bí thư Huyện ủy Nghi Xuân khẳng định việc thu phí BOT tại trạm thu phí cầu Bến Thủy 1 trái với Pháp lệnh Phí và Lệ phí, ảnh hưởng trực tiếp đến những người dân và sự phát triển kinh tế - xã hội của huyện.
Liên quan vấn đề thu phí tại cầu Bến Thủy, UBND tỉnh Nghệ An và Hà Tĩnh đã có công văn gửi các bộ, ngành trung ương nhưng chưa được giải quyết thỏa đáng nên người dân tập trung tại cầu Bến Thủy để phản đối.