Sau đó, Washington đã mở một chiến dịch ngoại giao thầm lặng thuyết phục chính quyền Nam Phi chuyển giao số uranium làm giàu cao (HEU) nhưng không thành công.
Trong 2 bức thư riêng, Tổng thống Barack Obama cũng đề nghị Tổng thống Nam Phi Jacob Zuma xử lý uranium dùng để chế tạo bom sang dạng vô hại với sự giúp đỡ của Mỹ nhưng đã bị từ chối. Trong khi đó, giới chức Pretoria mô tả cuộc đột nhập chỉ là một vụ cướp thông thường. Vụ đột nhập năm 2007 dẫn đến sự bất đồng kéo dài giữa Washington và Pretoria trong suốt thời gian qua.
Một vụ đột nhập ngoạn mục
Pelindaba là trung tâm nghiên cứu hạt nhân trọng yếu của Nam Phi. Pelindaba từng là nơi phát triển chương trình vũ khí hạt nhân bí mật của chính quyền Apartheid Nam Phi trước đây, đã chế tạo được 6 quả bom và hiện còn cất giữ một lượng lớn HEU đủ cấp độ để tiếp tục chế tạo vũ khí hủy diệt hàng loạt. Trung tâm này có 2.000 nhân viên với hàng chục phòng nghiên cứu, cơ sở sản xuất và tháp làm lạnh. Pelindaba được xây dựng trên các đỉnh đồi, nằm giữa những hàng cây keo và được bao bọc bởi hàng rào an ninh với chu vi gần 10km.
Theo một báo cáo mật của Nam Phi, cuộc đột nhập xảy ra vào đêm 8/11/2007. Tác giả của tập báo cáo dày 98 trang từng làm việc cho Kroll Inc. - Công ty điều tra và tư vấn an ninh của Mỹ. Tập tài liệu báo cáo này chưa từng được tiết lộ ở Nam Phi nhưng đã lọt vào tay các cơ quan tình báo nước ngoài. Khi đó, nhóm thứ nhất gồm 4 người xâm nhập sâu vào bên trong Pelindaba sau khi vô hiệu hóa hệ thống điện 10.000 volt bảo vệ một phần hàng rào, cắt đứt đường dây cáp liên lạc.
Trong khi đó, nhóm thứ 2 cũng gồm 4 tên xâm nhập hàng rào bảo vệ từ phía khác cách đó không xa. Giới chuyên gia an ninh cho rằng, cả hai nhóm đều được huấn luyện bài bản, có khả năng cao về điện tử và hiểu rõ hệ thống an ninh của Pelindaba. Một nghi vấn đặt ra là cuộc đột nhập có lẽ đã được lên kế hoạch từ trước, đồng thời có sự trợ giúp từ bên trong.
Vào đêm xảy ra sự việc, chuyên viên trực Trung tâm Giám sát khẩn cấp Pelindaba không có mặt tại ca trực do đi dự tiệc nên nhờ một nữ đồng nghiệp ngồi vào vị trí của mình. Người phụ nữ trực thay này còn dắt theo một con chó và cùng đi với người chồng sắp cưới là Frans Antonis Gerber - lính cứu hỏa của Pelindaba đã hết ca trực. Thậm chí, lực lượng an ninh Pelindaba không đối đầu trực tiếp với những tên xâm nhập.
Nhờ tiếng chó sủa mà Gerber phát hiện nhóm người lạ mặt và bị 3 tên tấn công. Trong lúc chống chọi, Gerber bị bắn vào ngực. Sau khi bị phát hiện, nhóm thứ nhất nhanh chóng bỏ đi, còn nhóm thứ hai đánh cắp được một số tài liệu quan trọng. Hiện nay, Gerber vẫn còn làm việc ở Pelindaba nhưng từ chối mọi cuộc phỏng vấn liên quan đến vụ việc. Cuối cùng, 2 nhân viên bảo vệ phụ trách camera an ninh và một giám đốc bị sa thải.
Tờ Pretoria News đưa tin Frans Antonis Gerber, nhân viên cứu hỏa Pelindaba, bị bắn trong vụ đột nhập năm 2007.
Nhưng điều khó hiểu là 8 năm sau vẫn không có ai bị buộc tội cũng như không một nghi can nào được thẩm vấn. Sau khi tập trung truy tìm dấu vết trong dữ liệu của MTN - nhà cung cấp dịch vụ di động lớn nhất châu Phi - về các cuộc gọi thực hiện trong khu vực Pelindaba vào đêm xảy ra cuộc đột nhập, đồng thời kết hợp với các cuộc thẩm vấn cũng như kiểm tra bằng máy phát hiện nói dối, một nhà điều tra tư nhân phát hiện 2 người Nam Phi và một số đồng phạm khác nghi ngờ có liên quan đến vụ án. Nhưng các nghi can này không bao giờ bị Lực lượng Cảnh sát Nam Phi (SAPS) bắt giữ hay điều tra.
Một chuyên gia Nam Phi cho rằng, những kẻ đột nhập Pelindaba chỉ nhằm đánh cắp chất nổ hạt nhân để bán ra thị trường đen thế giới với giá hàng triệu USD.
Trong khi giới chức Mỹ cho rằng những kẻ đột nhập muốn đánh cắp công nghệ hạt nhân để phục vụ một chương trình phát triển hạt nhân nguy hiểm. Ronnie Kasrils - Bộ trưởng Tình báo Nam Phi lúc đó - cũng kết luận đây là vụ đánh cắp thông thường. Năm 2008, Bộ trưởng Quốc phòng Nam Phi lúc đó là Mosiuoa Lekota tuyên bố vụ đột nhập là "hành vi tội phạm rõ ràng" và nó là vấn đề của… cảnh sát! Mặc dù vụ việc Pelindaba được chính quyền Nam Phi khép lại từ lâu nhưng nó vẫn tiếp tục gây tranh cãi cho đến ngày nay.
Tranh cãi về chương trình nâng cấp an ninh cho Pelindaba
Sau vụ đột nhập Pelindaba năm 2007, chính quyền Tổng thống Mỹ George W. Bush đề nghị giúp đỡ nâng cấp an ninh cho trung tâm nhưng phía Pretoria cương quyết từ chối mà thay vào đó, người Nam Phi chọn cách cho phép Cơ quan Năng lượng Nguyên tử Quốc tế (IAEA) thanh tra Trung tâm Nghiên cứu hạt nhân Pelindaba.
Chuyên gia kỹ thuật làm việc bên trong các phòng thí nghiệm ở Pelindaba.
Tháng 1/2008, một phái đoàn chuyên gia IAEA phát đi bản tuyên bố rằng, một kế hoạch nâng cấp an ninh của chính quyền Nam Phi trước khi xảy ra vụ đột nhập đã cung cấp "nền tảng thích đáng" để bảo vệ địa điểm nhạy cảm.
Bản tuyên bố cũng nhấn mạnh: "Không có bằng chứng cho thấy các khu vực hạt nhân nhạy cảm gặp phải bất cứ mối đe dọa nào vào bất kỳ thời điểm nào". Abdul Minty, người lúc đó là đại diện của Nam Phi IAEA, cũng lên tiếng chỉ trích người Mỹ "tại sao không tin tưởng IAEA do chính các người tạo ra?".
Trong khi đó Cơ quan Năng lượng Hạt nhân Nam Phi (NECSA), cơ quan điều hành Pelindaba, tỏ ra ít lạc quan hơn các quan chức chính quyền và tìm kiếm sự giúp đỡ từ các chuyên gia không phổ biến vũ khí hạt nhân của Mỹ. Theo một điện tín ngoại giao tháng 9/2009 của Mỹ, do Wikileaks tiết lộ, Joseph Shayi - Giám đốc phụ trách an ninh NECSA - nói với người Mỹ rằng, ông cần cung cấp thêm các thiết bị cảm biến dò chuyển động cũng như hệ thống camera an ninh mới, hàng rào bảo vệ và chương trình huấn luyện bổ sung cho Pelindaba trong khi giới chức chính quyền Pretoria lập luận rằng, việc đổ tiền vào kế hoạch nâng cấp hệ thống an ninh cho Pelindaba có thể làm suy yếu quỹ tài chính dành cho công tác nghiên cứu hạt nhân - theo các quan chức Mỹ liên quan đến những cuộc thương lượng giữa hai chính quyền.
Người Nam Phi cũng chỉ trích mối quan tâm đến an ninh ở Pelindaba của giới chức Washington là "đạo đức giả" khi đề cập đến vụ đột nhập xảy ra vào tháng 7/2012 vào kho chứa uranium cấp độ sản xuất vũ khí của Mỹ nằm bên ngoài thành phố Knoxville, bang Tennessee. Trong khi những người đột nhập chỉ là một nữ tu đã 82 tuổi và 2 nhà hoạt động hòa bình!
Tại phiên tòa xét xử 3 kẻ đột nhập vào tháng 5/2012, chuyên gia an toàn hạt nhân Mỹ Steven C. Erhart tuyên bố, vụ việc đã tác động tiêu cực đến uy tín của Mỹ ở hải ngoại. Cuối cùng, Pretoria chỉ chấp nhận nâng cấp hệ thống an ninh ở Pelindaba sau khi Mỹ đe dọa không cung cấp nhiên liệu cho lò phản ứng nghiên cứu phục vụ sản xuất chất đồng vị cho y khoa, đồng thời cam kết chi trả 8 triệu USD phí tổn.
NECSA cho biết, họ đã chi thêm 1,4 triệu USD để xây dựng hàng rào an ninh vòng ngoài Pelindaba được thiết kế với sự giúp đỡ từ các chuyên gia Phòng Thí nghiệm Quốc gia (SNL) ở bang New Mexico, đồng thời gia cố hệ thống bảo vệ ở khu vực Trung tâm Giám sát khẩn cấp, nơi mà năm 2007 những kẻ đột nhập dễ dàng phá vỡ. Tuy nhiên, chính quyền Pretoria từ chối mua phần mềm an ninh mà Washington đề nghị do lo ngại nó có thể có "cửa sau" cho phép tình báo Mỹ lợi dụng.
Waldo Stumpf, một quan chức cao cấp trong các chương trình hạt nhân Nam Phi dưới thời Apartheid cũng như các chính quyền dân chủ cho đến năm 2001, phát biểu trong một cuộc phỏng vấn rằng mọi biện pháp an ninh nâng cấp đã biến Pelindaba thành một địa điểm kiên cố không ai có thể xâm nhập trái phép được. Nhưng cựu chuyên gia an ninh Bộ Năng lượng Mỹ (DOE) Roger Johnston cho rằng, không có hệ thống an ninh nào mà không thể phá vỡ được!
Roger Johnston, người giành được nhiều giải thưởng của hơn 100 công trình nghiên cứu hạt nhân, nổi tiếng với nghiên cứu về các loại niêm phong trong đó có loại được IAEA sử dụng để dò sự dịch chuyển của các chất nổ hạt nhân. Sau thử nghiệm 850 niêm phong trong 20 năm qua, Johnston và đội của ông kết luận rằng mọi niêm phong có thể bị xâm phạm - nghĩa là tháo gỡ rồi niêm phong lại trong vòng chưa đến 2 giờ mà không để lại dấu vết!
Vỏ 6 quả bom hạt nhân sản xuất dưới thời Apartheid của Nam Phi được cất giữ tại trung tâm nghiên cứu hạt nhân Pelindaba.
Một số lo ngại liên quan đến Nam Phi của Washington được mô tả trong các báo cáo chống khủng bố gần đây. Theo một báo cáo từ Bộ Quốc phòng Mỹ năm 2012, một tổ chức phi lợi nhuận Nam Phi bị nghi ngờ tài trợ cho tổ chức khủng bố Al-Qaeda cũng như các nhóm vũ trang ở Baghladesh.
Theo báo cáo, các doanh nghiệp chuyển tiền không chính thức gọi là "hawala" - hệ thống chuyển tiền được cộng đồng người Hồi giáo Nam Phi sử dụng rộng rãi - có thể chuyển tiền cho các nhóm cực đoan ở Đông Phi. Các đường biên giới của Nam Phi cũng bị mô tả là không được kiểm soát chặt chẽ và các nhóm khủng bố dễ dàng xâm nhập vào lãnh thổ nước này. Báo cáo cũng nhấn mạnh nạn tham nhũng hoành hành trong các cơ quan hành pháp Nam Phi.
Donald Gips, Đại sứ Nam Phi từ năm 2009 đến 2013 được Tổng thống Barack Obama chỉ định, cho rằng bọn khủng bố sẽ không gặp khó khăn nếu chúng muốn xâm nhập Pelindaba. Gary Samore, cố vấn về khủng bố hạt nhân cho Tổng thống Obama cho đến năm 2013, cũng cho biết các chuyên gia an ninh chính quyền Mỹ trong nhiệm kỳ của ông đều coi Pelindaba là một trong những kho cất giữ uranium cấp độ sản xuất vũ khí được bảo vệ "yếu kém nhất" trên thế giới.