Lý do dẫn đến việc Thủ tướng Chính phủ chưa xem xét việc phê duyệt chủ trương đầu tư Dự án vì chưa đủ căn cứ, cơ sở theo quy định của pháp luật.
Thủ tướng cũng giao Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành tổ chức xây dựng Quy hoạch tổng thể khai thác sông Hồng để đảm bảo phát triển bền vững. Việc xây dựng Quy hoạch nêu trên phải được thực hiện một cách kỹ lưỡng, khoa học và phải có sự tham gia của các địa phương liên quan, các nhà khoa học, các cơ quan nghiên cứu, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức chính trị, xã hội khác là đại diện cho lợi ích của người dân trong lưu vực đồng bằng sông Hồng.
Trên cơ sở Quy hoạch được phê duyệt, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đề xuất cách thức triển khai thực hiện Dự án, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Quy hoạch cũng xác định yêu cầu là bảo vệ và phát triển mở rộng các không gian xanh, các hệ sinh thái rừng và thảm xanh tự nhiên trong vùng, bảo vệ các hành lang xanh dọc hệ thống sông Hồng – Thái Bình.
Bên cạnh đó, hạn chế các hoạt động phát triển làm biến đổi dòng chảy, gây mất an toàn đối với các khu vực dân cư và cơ sở hạ tầng. Xây dựng chương trình quản lý tổng hợp các lưu vực sông trong Vùng.
