Sau khi làm việc với các địa phương, Đoàn giám sát tối cao của Quốc hội đã làm việc với các bộ ngành về việc quản lý và sử dụng đất khu đô thị từ khi Luật Đất đai năm 2013 có hiệu lực đến năm 2018. Thông tin về kết quả kiểm toán nội dung này, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) cho biết, từ năm 2016 đến nay, KTNN đã tiến hành 48 cuộc kiểm toán. Riêng năm 2017 đã kiểm toán chuyên đề quản lý, sử dụng đất khu đô thị giai đoạn 2013-2016 tại 10 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và lồng ghép kiểm toán chuyên đề này tại 33 cuộc kiểm toán ngân sách địa phương.
Qua kiểm toán, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính gần 11 nghìn tỷ đồng, trong đó tăng thu, giảm chi NSNN 5.546,9 tỷ đồng; đồng thời kiến nghị sửa đổi, bổ sung chính sách liên quan đến quản lý, sử dụng đất; phát hiện và kiến nghị xử lý, chấn chỉnh nhiều sai phạm, tồn tại trong công tác quản lý và sử dụng đất.
Đáng lưu ý, để triển khai Luật Đất đai năm 2013 và nâng cao hiệu lực quản lý Nhà nước về đất đai, thời gian qua, Chính phủ và các bộ, ngành đã ban hành nhiều văn bản quy phạm pháp luật về quản lý, sử dụng đất; đã tạo hành lang pháp lý để quản lý, sử dụng đất nói chung và quản lý, sử dụng đất khu đô thị nói riêng có hiệu quả, tránh lãng phí nguồn tài nguyên đất nước. Tuy nhiên, hệ thống chính sách, pháp luật về quản lý, sử dụng đất còn chưa đồng bộ, chậm được sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện; nhiều nội dung còn bất cập, chưa đáp ứng được yêu cầu thực tiễn và là kẽ hở để các tổ chức cá nhân có liên quan có thể trục lợi, gây lãng phí, tham nhũng trong quản lý, sử dụng đất, nhất là đất đai đô thị.
Cụ thể theo KTNN, việc hướng dẫn xác định giá thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất của các dự án theo phương pháp so sánh hoặc phương pháp thặng dư kết hợp với so sánh tại Nghị định số 44/2014/NĐ-CP và Thông tư 36/2014/TT-BTNMT chưa phù hợp quy định và thực tế; là nguyên nhân gây thất thoát NSNN vì việc xác định giá đất không sát giá thị trường, có tình trạng cùng một địa phương nhưng áp dụng phương pháp xác định giá đất khác nhau, có chênh lệch lớn về giá trị khu đất, dẫn đến thất thoát lớn.
Bên cạnh đó, quy định đối tượng chịu Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) chuyển nhượng quyền sử dụng đất đối với hoạt động kinh doanh bất động sản còn bất cập, chưa rõ ràng và chưa thống nhất; quy định về cơ quan xác định giá khởi điểm của thửa đất đấu giá tại Thông tư liên tịch số 14/2015/TTLT-BTNMT-BTP ngày 4/4/2015 của Bộ Tài nguyên và Môi trường và Bộ Tư pháp chậm được sửa đổi để phù hợp, thống nhất với quy định tại Nghị định số 135/2016/NĐ-CP.
Đối với công tác quản lý, sử dụng đất khu đô thị tại các địa phương, KTNN khẳng định, vẫn là một lĩnh vực có nhiều hạn chế, tồn tại và tiềm ẩn lớn lãng phí, thất thoát, tham nhũng. Trên thực tế, KTNN đã phát hiện ra nhiều tồn tại, hạn chế trong việc thực hiện các dự án BT như: Hầu hết các dự án BT đều lựa chọn nhà thầu theo hình thức chỉ định thầu, làm giảm sự cạnh tranh và tiềm ẩn nguy cơ rủi ro chọn nhà đầu tư không đủ năng lực.
Bên cạnh đó, việc thanh toán cho nhà đầu tư theo hình thức giao đất đã giải phóng mặt bằng có thu tiền sử dụng đất hoặc cho thuế đất thu tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê không thông qua hình thức đấu giá là chưa phù hợp quy định của Luật Đất đai năm 2013 và là kẽ hở dẫn đến thất thoát ngân sách; Quy định về thời điểm giao đất để thanh toán dự án BT và thời điểm giao đất dự án BT còn bất cập, không rõ ràng dẫn đến việc thanh toán dự án BT bằng qũy đất với giá chỉ định thấp, không đảm bảo nguyên tắc ngang bằng giá, gây thất thoát lớn NSNN…
Toàn bộ các cuộc kiểm toán về việc quản lý, sử dụng đất đô thị đã được cung cấp đầy đủ cho đoàn giám sát.
