Theo cơ quan thuế, số liệu nợ thuế sai do người nộp thuế, ngân hàng, kho bạc, cơ quan thuế… Tuy nhiên, nguyên nhân do người nộp thuế chiếm tới 70%, do ghi sai mã số thuế, sai mục, kê khai sai nghĩa vụ, thiếu nội dung dẫn tới việc hạch toán thuế tự động bị sai và phát sinh nợ sai, nợ ảo. Việc này khiến cơ quan thuế và người nộp thuế mất rất nhiều thời gian rà soát, đối chiếu, xác định số liệu nợ và điều chỉnh tiền nộp.
Trước đó, qua rà soát, Tổng cục Thuế phát hiện có 5.799 người nộp thuế đang hoạt động, vẫn phát sinh kê khai thuế, với tổng số tiền thuế nợ hơn 4.000 tỷ đồng. Tuy nhiên, số người nộp thuế này lại bị các cơ quan thuế địa phương xếp vào nhóm nợ thuế khó thu như: Người nộp thuế đã chết, bỏ địa chỉ kinh doanh, chờ giải thể, phá sản, mất khả năng thanh toán, đã áp dụng hết các biện pháp cưỡng chế...
