Báo cáo về học phí trong đào tạo y khoa, PGS. Trần Diệp Tuấn, Chủ tịch Hội đồng trường ĐH Y dược TPHCM thông tin, tính toán cho thấy, chi phí đào tạo với nhóm ngành sức khỏe cao nhất là 78 triệu đồng/năm (ngành Răng – Hàm – Mặt), kế đến là ngành y khoa 71,8 triệu đồng/năm, ngành Dược học là 71 triệu đồng/năm. Các ngành còn lại thấp nhất là 34,6 triệu đồng trở lên. Nhưng khi xây dựng mức học phí tự chủ, trường ĐH Y dược TPHCM đã đưa ra mức thu lần lượt là 70 triệu đồng/năm, 68 triệu đồng/năm, 55 triệu đồng/năm và 30 triệu đồng/năm, tức là giảm so với chi phí thực.
Trong đó, chi phí trực tiếp chiếm 62%, chi phí giản tiếp 25%; chi các khoản khác và trích quỹ 13%. Tuy nhiên, trường đã điều chỉnh các tỷ lệ cho phù hợp là chi trực tiếp 75% (trong đó giảm chi các nội dung giáo trình tuyển sinh xuống còn 3%, tăng chi tiền lương lên 47% và các khoản học bổng lên 20%); chi phí giản tiếp giảm xuống còn 11% và các khoản còn lại là 14%.
Năm học 2021-2022, học phí các trường tăng theo lộ trình và có nhiều điều chỉnh. Ngành y dù chỉ mới tự chủ ở mức 2 nhưng học phí nếu kịch trần theo khung quy định và được áp dụng vào năm học 2022 – 2023 thì học phí lên đến 98,5 triệu/năm, tức gấp rưỡi hiện nay.
Hiện số thu học phí của các cơ sở giáo dục ĐH công lập chiếm đến 60% tổng nguồn thu. Tuy nhiên, Bộ GD&ĐT khẳng định mức trần học phí hiện nay theo Nghị định 86 chưa phù hợp với một số ngành, nghề đào tạo như lĩnh vực khoa học sức khỏe, các chuyên ngành đào tạo đòi hỏi thời lượng thực hành lớn, cần nhiều chi phí. Khung học phí chưa gắn với định mức kinh tế kỹ thuật và kiểm định chất lượng đầu ra của cơ sở giáo dục ĐH.
Cơ sở giáo dục ĐH đã tự đảm bảo chi thường xuyên nhưng vẫn áp dụng chung mức học phí với chương trình đại trà dẫn đến khó khăn cho các đơn vị trong việc thực hiện cơ chế tự chủ tài chính. Tiếp tục mở rộng trần học phí đối với giáo dục ĐH, tiến tới tính đủ chi phí đào tạo, xây dựng trần học phí phù hợp với mức độ tự chủ tài chính gắn với tự chủ giáo dục ĐH theo quy định; yêu cầu kiểm định chất lượng và nâng cao trách nhiệm giải trình.
Bộ GD&ĐT cũng khẳng định, để đưa ra khung học phí mới theo dự thảo Nghị định, Bộ đã khảo sát 50 trường ĐH công lập đại diện cho 7 khối ngành đào tạo. Có thể thấy, với các trường ĐH được tự chủ, mức học phí đều chạm trần. Chỉ một số ngành khó tuyển sinh thì học phí thấp hơn so với trần quy định.
Bộ này cũng căn cứ thực trạng khảo sát về chi phí giáo dục giai đoạn 2016-2019 và mức độ kiểm định chất lượng tại 70 cơ sở giáo dục ĐH công lập trên toàn quốc và nghiên cứu của nhóm chuyên gia ĐHQGHN để hoàn thành lộ trình tính giá dịch vụ vào năm 2025 thì mức học phí của nhóm tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư tăng tối thiểu 2,5 lần mức trần học phí của các trường chưa tự chủ chi thường xuyên. Ngoài ra, để đảm bảo chất lượng đào tạo, Bộ GD&ĐT đề xuất các cơ sở giáo dục phải thực hiện lộ trình đạt kiểm định tương ứng với lộ trình tăng học phí theo quy định nêu trên.
Tuy nhiên, theo PGS.TS Nguyễn Phong Điền, Phó Hiệu trưởng trường ĐH Bách khoa Hà Nội, việc tăng học phí đột ngột quá cao, các trường sẽ khó giải thích với sinh viên và xã hội. Không những thế, học phí phải được tính toán dựa trên sức chi trả của dân chứ không chỉ dựa vào việc tính đúng, tính đủ theo quy định của các văn bản pháp luật.