Theo cáo trạng, ngày 31/10/2008, Bộ GTVT phê duyệt Dự án đường sắt đô thị tuyến số 1 (giai đoạn 1), giao Ban quản lý các dự án đường sắt Việt Nam (viết tắt là RPMU) làm Chủ đầu tư, ông Phạm Hải Bằng được giao làm Chủ nhiệm dự án. Ông Bằng có thẩm quyền là đầu mối quản lý toàn bộ lĩnh vực liên quan đến quá trình chuẩn bị và thực hiện dự án, tổ chức và trực tiếp thực hiện các công việc của dự án.
Đến tháng 9/2009, Tổng Cty Đường sắt Việt Nam ký hợp đồng dịch vụ tư vấn kỹ thuật dự án tuyến số 1 với liên danh do Cty tư vấn giao thông Nhật Bản (viết tắt JTC) đứng đầu. Hợp đồng được định giá hơn 2,9 tỷ Yên Nhật Bản và 320 tỷ đồng.
Từ tháng 9/2009 đến tháng 2/2014, ông Bằng trực tiếp thỏa thuận với đại diện nhà thầu JTC, với mong muốn JTC hỗ trợ cho RPMU các khoản tiền liên quan đến quá trình triển khai dự án. Ngay sau khi được “gợi ý”, phía JTC đã nhận lời và chuyển cho Bằng cùng các đồng phạm liên quan 11 tỷ đồng. Cơ quan chức năng xác định, số tiền trên đã được “chuyển hóa” vào các hạng mục tiếp khách, hiếu hỉ, đi lại, làm ngoài giờ.
Cáo trạng của Viện KSND Tối cao khẳng định, hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn để thỏa thuận ngoài hợp đồng giữa Phạm Hải Bằng cùng thuộc cấp với các nhà thầu đã gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín của Việt Nam, đến mối quan hệ hợp tác truyền thống, lâu đời giữa Việt Nam và Nhật Bản trong việc vay vốn và sử dụng vốn vay ODA. Theo nhà chức trách, hiện phía Nhật Bản đã xử lý những sai phạm của JTC, từ đó làm ảnh hưởng, ngưng trệ quá trình triển khai dự án.
Ngoài bị cáo Bằng, đồng phạm trong vụ án còn có: Nguyễn Nam Thái (SN 1977, cựu Trưởng phòng thực hiện dự án 3, RPMU); Trần Văn Lục (SN 1958, cựu Giám đốc RPMU); Trần Quốc Đông (SN 1964, cựu Phó tổng giám đốc Tổng Cty Đường sắt Việt Nam); Nguyễn Văn Hiếu (SN 1962, cựu Giám đốc RPMU) và Phạm Quang Duy (SN 1975, cựu Phó giám đốc RPMU). Sáu bị cáo cùng bị truy tố về tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Phiên xử dự kiến diễn ra trong 2 ngày, do thẩm phán Trương Việt Toàn (Phó Chánh toà Hình sự, TAND thành phố Hà Nội) làm chủ tọa.
