Bộ cũng đề nghị UBND tỉnh Thanh Hóa chỉ đạo các cơ quan liên quan của tỉnh Thanh Hoá kiểm tra thực tế hiện tượng ngao chết và xác định rõ nguyên nhân ngao chết trên địa bàn hai xã để xử lý theo đúng quy định của pháp luật, có các giải pháp nhằm kiểm soát chặt chẽ, ngăn ngừa không để tái diễn tình trạng ngao chết như thời gian qua. Tổ chức thu dọn xác ngao chết để xử lý, chôn lấp hợp vệ sinh theo quy định đồng thời bố trí kinh phí và giao Sở TN&MT tỉnh Thanh Hóa chủ trì quan trắc, giám sát chất lượng nước biển khu vực nuôi ngao.
Bộ TN&MT đề nghị UBND tỉnh Thanh Hóa báo cáo kết quả thực hiện trước ngày 25 tháng 2 năm 2017. Bộ TN&MT cho biết, sẵn sàng phối hợp với UBND tỉnh trong việc thực hiện những nhiệm vụ kiểm soát, ngừa nguy cơ ô nhiễm môi trường biển.