Cụ thể, tại xã Hải Lộc có 201 ha/230 ha ngao chết (tỷ lệ chết khoảng 70%), tại xã Đa Lộc có 200/350 ha ngao chết (tỷ lệ ngao chết từ 30 đến 70%), tại xã Hoằng Trường toàn bộ 12 ha có tỷ lệ ngao chết từ 15-40%. Trong khi ngành chức năng đang xác định nguyên nhân thì rạng sáng 31/12/2016, một số hộ dân nuôi ngao bắt được thuyền do vợ chồng ông Hoàng Văn Thành và bà Hoàng Thị Huệ (thường trú ở xã Ngư Lộc, huyện Hậu Lộc) chở 14 thùng phi, mỗi thùng 50 lít (trong đó có 3 thùng chứa chất thải từ chế biến mực và 11 thùng rỗng do đã đổ ra khu vực nuôi ngao).
Kết quả xét nghiệm bệnh và chỉ tiêu môi trường do Chi cục Thú y thu mẫu tại khu vực ngao chết gửi Trung tâm chẩn đoán Thú y trung ương thì có 5 mẫu môi trường các chỉ tiêu về Amoni, nitrit, sulfua, COD đều vượt giới hạn trong nuôi trồng thủy sản nước mặn. Còn theo kết quả phân tích mẫu (lấy từ các thùng chất thải còn lại chưa bị đổ ra vùng nuôi ngao trên thuyền của vợ chồng ông Thành) của Chi cục Môi trường (Thuộc Sở Tài nguyên Môi trường Thanh Hóa) thì tất cả các chỉ tiêu về chất thải ra môi trường đều vượt so với quy chuẩn. Trong đó, một số chỉ tiêu vượt cao như: Hàm lượng oxy cần thiết để oxy hóa hết các chất hữu cơ và sinh hóa do vi khuẩn gây ra (BOD5) cao hơn từ 1.500 đến hơn 1.900 lần; Hàm lượng oxy cần thiết để oxy hóa các hợp chất hóa học trong nước bao gồm cả vô cơ và hữu cơ (COD) cao hơn từ 600 đến trên 800 lần; Hàm lượng chất Cadimi là một kim loại chuyển tiếp tương đối hiếm, mềm, màu trắng ánh xanh và có độc tính mẫu cao nhất vượt trên 1.500 lần…
Cũng theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, kiểm tra ngao nuôi tại xác xã Hải Lộc, Đa Lộc cho thấy, mật độ ngao nuôi thịt bình quân 1.000 con/mét vuông (cao gấp 2-3 lần so với hướng dẫn kỹ thuật); ngao giống bình quân 5.000 con/mét vuông (cao gấp 2 lần so với hướng dẫn kỹ thuật); ngao chết ở trạng thái rất gầy… Căn cứ vào các kết quả phân tích ban đầu, ngành chức năng nhận định ngao nuôi chết hàng loạt không phải do tác nhân vi khuẩn, tảo độc, vi rút hay ký sinh trùng gây ra. Ngao nuôi với mật độ dày nên dễ chết khi môi trường biến động.
Đến nay, ngành chức năng vẫn chưa công bố nguyên nhân khiến ngao chết hàng loạt vì vẫn đang chờ kết quả điều tra của cơ quan công an. Trong khi đó, thì người nuôi ngao thì đứng ngồi không yên, hoang mang khi ngao chết rơi vào cảnh khó khăn, nợ nần…
