Cơ quan kiểm toán nhấn mạnh, các dự án BT thực chất là sử dụng nguồn lực NSNN thuộc nhiệm vụ chi ngân sách của các cấp chính quyền, nhưng không quy định phải là dự án cần thiết, thực sự cấp bách là chưa phù hợp với các quy định hiện hành. Đáng lưu ý, hầu hết các dự án chỉ định thầu, làm giảm tính cạnh tranh; đề xuất dự án không thông qua HĐND; lựa chọn nhà đầu tư thiếu năng lực tài chính, như Dự án xây dựng tuyến đường từ đường Lê Đức Thọ đến khu đô thị mới Xuân Phương.
Bên cạnh đó, KTNN cũng chỉ ra tình trạng thương thảo, ký hợp đồng chưa đảm bảo quy định, trong đó có Dự án Xây dựng tuyến đường từ đường Lê Đức Thọ đến Khu đô thị mới Xuân Phương; Dự án phân kỳ đầu tư giai đoạn 1 - Xây dựng công trình đường Hồ Chí Minh đoạn La Sơn - Túy Loan, tỉnh Thừa Thiên Huế và TP. Đà Nẵng theo hình thức hợp đồng Xây dựng - Chuyển giao (BT); Dự án giải quyết ngập do triều khu vực TP. Hồ Chí Minh có xét đến yếu tố biến đổi khí hậu (giai đoạn 1).
Cùng với đó là tình trạng điều khoản hợp đồng thiếu chặt chẽ, điển hình như Dự án ĐTXD Nút giao thông trung tâm quận Long Biên: Chưa quy định cụ thể hình thức thưởng phạt khi vi phạm tiến độ, giá trị và phương pháp xác định giá trị quyền sử dụng đất, lịch biểu giao đất của dự án khác. Đặc biệt có hợp đồng còn ký sai quy định, gây thất thoát NSNN 282,92 tỷ đồng. Đó là Dự án giải quyết ngập do triều khu vực TP. Hồ Chí Minh có xét đến yếu tố biến đổi khí hậu (giai đoạn 1): Nội dung Phụ lục Hợp đồng BT xác định giá trị quyết toán dự án BT Nhà đầu tư chuyển nhượng cho UBND TP. Hồ Chí Minh không bao gồm thuế GTGT, chưa phù hợp với Điều 3, Điều 5, Luật thuế GTGT, dẫn đến thiếu số thuế GTGT đầu ra phải nộp vào NSNN đến 31/12/2017 là 282,9 tỷ đồng, trong khi Doanh nghiệp dự án đã đề xuất và được Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT 267,7 tỷ đồng.
Cũng theo KTNN, việc tạm tính tiền sử dụng đất để xác định giá trị đối ứng khi giao đất cho dự án BT tại thời điểm thực hiện dự án BT dễ dẫn đến thất thoát NSNN. Trong đó, dự án Xây dựng tuyến đường từ đường Lê Đức Thọ đến Khu đô thị mới Xuân Phương: Do giá trị hợp đồng BT tạm xác định theo TMĐT được duyệt thường cao hơn thực tế thực hiện, thời gian thi công các dự án BT dài và tiền SDĐ tạm tính chưa sát đúng nên giá trị tiền sử dụng đất Nhà đầu tư phải nộp NSNN khi được giao đất đối ứng tại thời điểm thực hiện dự án thường thấp hơn giá trị khi quyết toán công trình BT.
“Việc xác định giá đất theo phương pháp thặng dư tại Thông tư số 145/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính và số 36/2014/TT-BTNMT của Bộ TN&MT cho phép tính chi phí dự phòng trong chi phí phát triển còn bất hợp lý, không sát hoặc phụ thuộc yếu tố chủ quan dẫn đến giá đất thấp, không sát giá thị trường làm thất thoát lớn tài sản, NSNN. Đây là lỗ hổng lớn nhất làm thất thoát tài sản, NSNN.
Cơ quan kiểm toán dẫn dụ dự án Khu đô thị mới Xuân Phương, mặc dù Hợp đồng BT ký thống nhất tiền sử dụng đất đối ứng với giá trị dự án BT theo nguyên tắc ngang giá, cùng thời điểm ký kết Hợp đồng BT và giá không đổi, nên không có yếu tố dự phòng, nhưng do áp dụng phương pháp thặng dư quy định tại Thông tư số 145/2007/TT-BTC và Thông tư số 36/2014/TT-BTNMT nên vẫn xác định phí phát triển bao gồm cả dự phòng 323,2 tỷ đồng, làm giảm tiền sử dụng đất phải nộp tương ứng 323,2 tỷ đồng.
Kết quả kiểm toán đã kiến nghị xử lý tài chính 2.938 tỷ đồng, trong đó có dự án tỷ lệ xử lý tài chính lên đến 29% giá trị được kiểm toán, như Dự án ĐTXD tuyến đường Lê Đức Thọ đến khu đô thị mới Xuân Phương với tổng kiến nghị xử lý tài chính 391,6 tỷ đồng.
