Dự án cầu Bình Triệu 2 được đầu tư theo hình thức BOT do công ty cổ phần đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật TPHCM làm chủ đầu tư, tổng số vốn 1.717 tỷ đồng với 7 tiểu dự án.
Theo Thanh tra Chính phủ, do công tác giải phóng mặt bằng chậm nên công ty đã hoàn thành việc đầu tư phần 1, giai đoạn 2 của dự án với tổng chi phí đã đầu tư là 224 tỷ đồng (tiểu dự án 2 là 130 tỷ đồng, tiểu dự án 3 là 89 tỷ đồng và chi cho xây dựng nửa trạm thu phí là 5 tỷ đồng). Dự án tổ chức thu phí hoàn vốn đến ngày 6/7/2015 thì tạm ngừng thu phí.
Trong công tác chuẩn bị đầu tư, UBND TPHCM không thực hiện xây dựng và công bố danh mục Cầu Bình Triệu 2 để kêu gọi đầu tư. Đến ngày 1/4/2011 thành phố mới thực hiện công bố danh mục đầu tư.
Thành phố cũng chấp thuận cho công ty cổ phần Đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật TPHCM làm chủ đầu tư mà không tổ chức đấu thầu rộng rãi trong nước và quốc tế để lựa chọn nhà đầu tư đàm phán hợp đồng.
Tháng 7/2015, UBND TPHCM đồng ý về nguyên tắc tạm dừng thu phí tại các Trạm thu phí cầu Bình Triệu 1 và 2 để Công ty CP Đầu tư Hạ tầng kỹ thuật TPHCM duy tu, nâng cấp hệ thống thu phí.
Công ty Cổ phần Đầu tư hạ tầng kỹ thuật thành phố sẽ tập trung thay thế và đưa vào hoạt động hệ thống thu phí tự động điện tử đối với các phương tiện lưu thông qua đây nhằm đảm bảo tiện lợi và rút ngắn thời gian khi thu phí.
Từ tháng 7/2015 đến nay mặc dù đã hơn 2 năm tạm ngưng thu phí để sửa chữa, duy tu hệ thống thu phí nhưng đến nay vẫn chưa hoạt động trở lại.
Các bốt thu phí hiện đang xuống cấp, hư hỏng nặng nằm chình ình ngay dưới chân cầu Bình Triệu 1 và 2 cản trở lưu thông của các phương tiện dẫn đến tình trạng kẹt xe thường xuyên xảy ra ở khu vực này.
Bên trong bốt thu phí, nhiều vật dụng bỏ lăn lóc từ trên bàn xuống đất, quạt máy và máy lạnh bỏ hoang thời gian dài đã hư hỏng nặng, rơi tơi tả nhưng không được thu dọn.