Về cụm thi, mỗi tỉnh/thành phố trực thuộc T.Ư sẽ tổ chức cụm thi cho thí sinh dự thi để xét công nhận tốt nghiệp THPT và xét tuyển sinh ĐH, CĐ do trường ĐH chủ trì, phối hợp với Sở GD&ĐT (gọi tắt là cụm thi ĐH). Tổ chức cụm thi cho thí sinh dự thi để xét công nhận tốt nghiệp THPT do Sở GD&ĐT chủ trì, phối hợp với trường ĐH (gọi tắt là cụm thi tốt nghiệp). Tùy tình hình cụ thể của địa phương, có thể chỉ tổ chức cụm thi ĐH.
Về môn thi, theo Bộ GD&ĐT, năm nay vẫn tiếp tục giữ ổn định như năm 2015 về số lượng môn thi. Bộ sẽ tổ chức thi 8 môn gồm Toán, Ngữ văn, Lịch sử, Địa lý, Vật lí, Hóa học, Sinh học và Ngoại ngữ.
Thí sinh dự thi để xét công nhận tốt nghiệp THPT sẽ chỉ đăng ký dự thi 4 môn tối thiểu. Trong đó có 3 môn bắt buộc gồm: Toán, Ngữ văn, Ngoại ngữ và 01 môn do thí sinh tự chọn trong các môn thi còn lại. Những thí sinh không được học môn Ngoại ngữ hoặc học trong điều kiện không đảm bảo chất lượng được phép chọn môn thi thay thế môn Ngoại ngữ trong số các môn tự chọn.
Bộ sẽ tăng số lượng cán bộ, giảng viên các trường ĐH, CĐ tham gia coi thi, chấm thi tại các cụm thi tốt nghiệp. Tăng số lượng cán bộ, giáo viên thuộc sở GD&ĐT tham gia chấm thi tại các cụm thi ĐH. Năm nay, Bộ GD&ĐT cũng giao các sở GD&ĐT và các trường ĐH chủ trì cụm thi công bố kết quả thi tạo thuận lợi cho thí sinh và phụ huynh tra cứu kết quả thi. Điều này có thể tránh được việc hỗn loạn trong việc xem điểm như kỳ thi năm 2015. Trường ĐH chủ trì cụm thi cấp cho mỗi thí sinh dự thi để tuyển sinh ĐH, CĐ 01 Giấy chứng nhận kết quả thi để làm thủ tục nhập học.
Cũng theo phương án mới được công bố, năm nay Bộ GD&ĐT cho phép các trường ĐH, CĐ, nhất là các trường khối năng khiếu, nghệ thuật chủ động xây dựng và công bố công khai đề án tự chủ tuyển sinh theo quy định của Quy chế tuyển sinh ĐH, CĐ hệ chính quy; tổ chức tuyển sinh theo các quy định tại đề án tự chủ tuyển sinh.