Vụ án tham ô này xảy ra tại Chương trình Tăng cường năng lực quản lý đất đai và môi trường Phú Yên thuộc Sở này (gọi tắt là Chương trình Semla Phú Yên).
Theo đó, hội đồng xét xử cấp sơ thẩm và phúc thẩm đã không đánh giá đúng tính chất nghiêm trọng của vụ án và hành vi phạm tội của từng bị cáo. Nhất là áp dụng không đúng quy định của pháp luật về chế định án treo, chưa thể hiện tính nghiêm minh của pháp luật và không đáp ứng được yêu cầu đấu tranh, phòng chống tội phạm tham ô tài sản trên địa bàn Phú Yên.
Theo hồ sơ vụ án, từ tháng 1/2007 đến 11/2009, trong quá trình triển khai thực hiện Chương trình Semla Phú Yên, Nguyễn Kim Phúc và 9 thuộc cấp đã nhiều lần lập khống chứng từ đưa vào thanh toán rút 430 triệu đồng của dự án để sử dụng cá nhân.
Ngày 17/8/2012, phiên toà sơ thẩm tỉnh Phú Yên tuyên phạt bị cáo Phúc 3 năm tù giam về tội tham ô tài sản. Các bị cáo còn lại chỉ có 2 người bị án tù giam, còn lại đều nhận án treo.
Ngày 22/11/2012, Tòa phúc thẩm TAND Tối cao tại Đà Nẵng xử phúc thẩm, sửa bản án sơ thẩm, giảm án của 3 bị cáo tù giam xuống còn tù treo. Như vậy trong vụ án này, cả 10 bị cáo đều được hưởng án treo. Sau đó, Chánh án TAND Tối cao Trương Hòa Bình kháng nghị. Hội đồng thẩm phán chấp nhận và tuyên hủy hai bản án vừa nêu.
