Ở Hà Tĩnh, Sở NN&PTNT thì cho rằng hiện tượng cá chết không phải do dịch bệnh, trong lúc đó Sở TN&MT của tỉnh này thì khẳng định nước thải ra biển từ khu gang thép Formosa đạt chất lượng nên chưa thể nhận diện nguồn gốc từ đâu.
Trong lúc đó, ở Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên - Huế cũng vậy, Sở NN&PTNT của các tỉnh này cũng chưa thể tìm ra nguyên nhân, gốc gác của nó, mà chỉ cho rằng cá chết do ô nhiễm nguồn nước gây ra.
Ông Phan Văn Khoa, Giám đốc Sở NN&PTNT Quảng Bình cho biết: Ngay sau khi hiện tượng cá chết lan từ Hà Tĩnh sang Quảng Bình, sở này đã chủ trì cùng với Sở TN&MT lấy mẫu nước biển, mẫu cá chết xét nghiệm. Bước đầu có thể khẳng định, môi trường nước ổn định, cá chết không do dịch bệnh vì không tìm thấy vi rút gây bệnh. Nguyên nhân có thể do có thể có yếu tố gây độc trong môi trường nước. Sở này cũng đã báo cáo lên Bộ NN&PTNT, đề nghị bộ vào cuộc vì cá biển chết diễn ra trên diện rộng.
Trong lúc cơ quan chức năng đang loay hoay tìm nguyên nhân, nguồn gốc thì các ngư dân ở Quảng Bình đã tự đi tìm cho mình lời giải. Họ nghi ngờ rằng, cá chết trong hơn 2 tuần qua là xuất phát từ xả thải của khu công nghiệp Vũng Áng (Hà Tĩnh). Theo lí giải của các ngư dân, hiện tượng cá chết lần đầu tiên được ghi nhận ở vùng biển Kỳ Anh (Hà Tĩnh), sau đó lần lượt lan ra các tỉnh Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên - Huế. Như vậy, nguồn nước ô nhiễm từ Vũng Áng làm cá ở đây chết trước, sau đó nguồn gây độc theo dòng hải lưu ven bờ di chuyển từ Bắc vào Nam gây ra hiện tượng nói trên.
Nhiều ngư dân tâm huyết cũng đã nhặt cá về mổ bụng để xem, và trong đa số ruột cá chết có chất màu trắng, sền sệt như sữa. Cho chó ăn thử, ngay sau đó chó bị hiện tượng đau bụng, đi ngoài nhiều lần.
