Tuy nhiên, do “tuổi cao, sức yếu”, trước sự hủy hoại của thiên nhiên, của các loại sâu bệnh và con người, số lượng cây Tùng Yên Tử đang giảm dần; nhiều cây đang lâm “trọng bệnh”, chờ chết, trong khi việc nhân giống vô cùng khó.
Xích Tùng ở Yên Tử có thể được coi là một loài đặc hữu của danh sơn này, mà theo các nhà khoa học và sử học, được trồng vào thời Tam Tổ của Thiền phái Trúc Lâm, gồm Phật hoàng Trần Nhân Tông, Pháp Loa và thiền sư Huyền Quang. Loại cây này có nhiều tên, trong đó thông dụng nhất vẫn là Xích Tùng, do gỗ và nhựa có màu đỏ.
Số liệu điều tra gần đây nhất – năm 2012 cho biết, Yên Tử còn 243 cây Xích Tùng, ít hơn 31 cây so với số liệu điều tra năm 1998. Trong đó, rất ít cây sinh trưởng bình thường; còn lại chủ yếu đang ở trạng thái lão hóa, bị sâu bệnh gây hại nghiêm trọng, đều có nguy cơ gãy đổ và chết.
Theo nghiên cứu, tất cả cây Xích Tùng ở đây đều do người xưa trồng, bởi đều nằm trên các tuyến hành hương và ở xung quanh các di tích. Xích Tùng tập trung với số lượng lớn nhất trên tuyến đường từ chùa Giải Oan lên chùa Hoa Yên, vì thế tuyến đường này còn có tên là đường Tùng.
Tuyến đường này có 57 cây, trong đó 6 cây đã chết khô; 18 cây rỗng thân trên 70%; 20 cây bị chết khô thân từ 50%-70%; 9 cây bị chết khô thân từ 20-50%; 4 cây bị bệnh hại ở mức dưới 20% thân chính…
Đó cũng là thực trạng chung của tất cả những cây Xích Tùng ở Yên Tử hiện nay.
Theo Ban quản lý Di tích và Rừng quốc gia Yên Tử, đến nay, mới chỉ chữa trị được khoảng hơn 10 cây do không có kinh phí.
Dưới đây là một số hình ảnh xót xa về Xích Tùng cổ Yên Tử":
Một cây Xích Tùng cổ ở Tháp Hòn Ngọc đã bị chết khô từ lâu. 
Cây Xích Tùng cổ này đã bị khô, mọt tới phần ngọn. 
Một cây đại Xích Tùng bị mối ăn bật vỏ thân cây. 
Gốc một cây Xích Tùng chết đổ trên đường Tùng. 
Thân cây đại thụ Xích Tùng bị sâu bọ tấn công. 
Cây Xích Tùng này đã bị hủy hoại hơn 1/2 thân gốc cây. 
Không ít cây Xích Tùng lâm bệnh như thế này. 
Thân cây Xích Tùng giờ đã trở thành thân cây đa. 
