Theo đó, đoàn thanh tra đã công bố Quyết định thanh tra, tiến hành thu thập thông tin, hồ sơ, tài liệu và thực hiện thanh tra đối với 9 dự án gồm: Dự án Xây dựng bãi đỗ xe tại ô đất ký hiệu A11/P2 phường Đại Kim, quận Hoàng Mai và xã Tân Triều, huyện Thanh Trì; Dự án Bãi đỗ xe tải và dịch vụ công cộng; Dự án Bệnh viện chuyên khoa mắt kỹ thuật cao Sài Gòn Hà Nội; Dự án Xây dựng trường Mầm non khu đô thị Đồng Tầu; Dự án Xây dựng Trường tiểu học Bắc Cổ Nhuế; Dự án Xây dựng Trường trung cấp nghề Thiên Đức; Dự án Trường trung học phổ thông dân lập Trần Quang Khải; Dự án Đầu tư xây dựng Trường trung học phổ thông Nguyễn Tất Thành; Dự án Làng sinh thái nghỉ ngơi an dưỡng và Trung tâm dịch vụ y tế chăm sóc sức khỏe cộng đồng.
Do Sở Tài nguyên và Môi trường đã và đang thanh tra việc chấp hành pháp luật về đất đai đối với Dự án Làng sinh thái nghỉ ngơi an dưỡng và Trung tâm dịch vụ y tế chăm sóc sức khỏe cộng đồng theo Quyết định số 2620/QĐ-STNMT-TTr ngày 14/12/2017 của Giám đốc Sở nên đoàn Thanh tra chỉ tiến hành thanh tra với 8 dự án còn lại.
Theo kết luận thanh tra, 8 dự án nhà đầu tư đều không thực hiện báo cáo về hoạt động đầu tư, báo cáo giám sát đánh giá dự án đầu tư theo quy định tại Nghị định số 113/2009/NĐ-CP ngày 15/12/2009 của Chính phủ về giám sát và đánh giá đầu tư. 8 dự án chậm tiến độ so với Giấy chứng nhận đầu tư đã được cơ quan có thẩm quyền cấp; Nhà đầu tư giãn tiến độ thực hiện dự án, giãn tiến độ đầu tư nhưng không đề xuất bằng văn bản với cơ quan có thẩm quyền hoặc có thông báo nhưng chưa được sự chấp thuận bằng văn bản của cơ quan có thẩm quyền theo quy định, trong đó có Dự án Xây dựng bãi đỗ xe tại ô đất ký hiệu A11/P2 phường Đại Kim, quận Hoàng Mai và xã Tân Triều, huyện Thanh Trì đã cơ bản hoàn thiện các thủ tục về đầu tư, đất đai, xây dựng.
Tại thời điểm thanh tra, Nhà đầu tư đang triển khai thi công xây dựng các hạng mục, công trình tại thực địa như đã nêu trên (Dự án chậm tiến độ trong đó có nguyên nhân khách quan là do tuyến đường chính đi vào dự án là tuyến đường bao quanh khu tưởng niệm Chu Văn An do Công ty cổ phần Bitexco làm chủ đầu tư chưa đưa vào khai thác sử dụng. Trong quá trình triển khai thi công xây dựng các hạng mục, công trình thuộc dự án, Nhà đầu tư đã phải đi nhờ tuyến đường nội bộ của Cụm công nghiệp làng nghề Tân Triều).
Theo Thanh tra Sở KH&ĐT, trách nhiệm để xảy ra các hạn chế, thiếu sót vi phạm nêu trên, trách nhiệm chính thuộc về các Nhà đầu tư chưa thực sự tích cực trong việc triển khai thực hiện dự án; chưa kịp thời cập nhật và thực hiện đầy đủ các quy định của Luật Đầu tư và các văn bản hướng dẫn thi hành; các quy định của pháp luật về báo cáo hoạt động đầu tư, báo cáo giám sát đánh giá dự án đầu tư. Bên cạnh đó các cơ quan quản lý Nhà nước có liên quan và chính quyền địa phương nơi có dự án thực hiện trên địa bàn cũng có phần trách nhiệm trong việc đôn đốc, theo dõi các dự án trên địa bàn.
Đoàn thanh tra đã ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế hoạch và đầu tư với 5 nhà đầu tư với tổng số tiền xử phạt là 175.000.000. Đồng thời yêu cầu các Nhà đầu tư thực hiện các dự án còn lại có cam kết tiến độ thực hiện dự án cụ thể và khẩn trương lập hồ sơ điều chỉnh dự án đầu tư, điều chỉnh tiến độ gửi Sở Kế hoạch và Đầu tư trước ngày 30/11/2018 để tổng hợp trình UBND Thành phố xem xét, quyết; Giao Sở Kế hoạch và Đầu tư chủ trì thực hiện thủ tục chấm dứt hoạt động của dự án đầu tư được quy định tại Luật Đầu tư 2014 và Nghị định 118/2015 NĐ-CP của Chính phủ đối với các trường hợp cố tình không thực hiện theo yêu cầu trên.
Riêng đối với 2 dự án dự án Trường trung học phổ thông dân lập Trần Quang Khải và dự án Đầu tư xây dựng Trường trung học phổ thông Nguyễn Tất Thành do Trường trung học phổ thông Nguyễn Tất Thành là Nhà đầu tư: Đề xuất với cấp có thẩm quyền xem xét lập hồ sơ chấm dứt hoạt động đầu tư đối với các dự án này.
