Cụ thể, việc chi trả tiền chế độ, chính sách cho CB, VC, NLĐ, Cty quy định chi tiền ăn ca trong quy chế chi tiêu nội bộ không rõ ràng, thiếu minh bạch dẫn đến người lao động không xác định được tiền ăn ca có chi đều hàng quý. Trong quy định thực hiện thanh toán tiền lương và các chế độ chính sách đối với CB, VC của Cty không có quy định về tiền lương bổ sung, lương tháng 13, mà kế toán Cty tự tính toán tiền bổ sung lương quý, 6 tháng, năm và tháng 13 trong giai đoạn từ đầu năm 2013 đến cuối năm 2015, đồng thời cố ý không thanh toán tiền ăn ca và bổ sung lương qua tài khoản của viên chức, người lao động mở tại ngân hàng theo quy định mà thực hiện chi bằng tiền mặt là không đúng quy định. Qua làm việc với 128 VC, NLĐ tại Cty về việc nhận tiền ăn ca, lương bổ sung thể hiện trên chứng từ Cty chi cho VC, NLĐ từ đầu năm 2013 đến cuối năm 2015 cho thấy phần lớn không biết Cty có chi tiền ăn ca đều hàng quý, không biết tiền bổ sung lương. Cụ thể, 74 người khẳng định chỉ nhận được vài lần.
Kết luận thanh tra còn chỉ ra các khoản thu, chi không theo dõi trong sổ kế toán. Như thu các khoản nhà tôn, nhà lều, lều bạt, mái che đình... từ tháng 1/2013 đến tháng 7/2016 gần 5,4 tỷ đồng để lập quỹ trái phép, không theo dõi trên sổ kế toán, không phản ánh vào báo cáo tài chính.
Những sai phạm trong công tác quản lý tài chính tại Cty thuộc trách nhiệm của ông Lê Ngọc Thanh - Giám đốc; ông Mai Phước Ba - Phó Giám đốc kiêm Chủ tịch Công đoàn; bà Trần Thị Kim Thuyên - Kế toán trưởng, Trưởng ban, thủ quỹ các BQL chợ; bà Dư Thị Hồng Cường - Quyền Trưởng ban BQL chợ Đống Đa (nguyên là người thực hiện thu, chi quỹ ngoài sổ kế toán đã hủy sổ ghi chép theo dõi khoản thu, chi ngoài sổ kế toán từ năm 2015 trở về trước); ông Lê Ngọc Thạnh - Nguyên Giám đốc Cty (đã nghỉ chế độ hưu từ tháng 8/2014) và một số cá nhân có liên quan. Giám đốc Sở Công Thương không thực hiện hết trách nhiệm trong công tác quản lý nhà nước đối với Cty và các bộ phận liên quan khác. Chủ tịch UBND thành phố yêu cầu Giám đốc Sở Công Thương phối hợp với Giám đốc Sở Nội vụ tổ chức kiểm điểm, có hình thức xử lý nghiêm khắc đối với các cá nhân, bộ phận có liên quan đến những sai phạm trên.
Trước đó, nhân viên Cty từng có đơn kiến nghị gửi các cơ quan chức năng về việc Cty “ém” tiền ăn của họ.
