Thực hiện quyền sử dụng hạn ngạch thuế quan nhập khẩu, từ năm 2016, Công ty CP sữa Việt Nam (Vinamilk) đã nhập đường tinh luyện từ Cty CP Đường Biên Hòa theo đúng thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ diện gia công. 12.500 tấn đường tinh luyện xuất- nhập khẩu tại chỗ này đã được Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam cấp Giấy chứng nhận xuất xứ nguồn gốc của hàng hóa (C/O) mẫu D, đáp ứng đầy đủ các điều kiện quy định tại Hiệp định về Chương trình thuế quan ưu đãi có hiệu lực chung (CEPT) cho khu vực mậu dịch tự do ASEAN, mức thuế suất 5%.
Tuy nhiên cuối tháng 11/2017, (Vinamilk) đột ngột nhận được yêu cầu của Chi cục hải quan Khu công nghiệp Mỹ Phước và Chi cục Hải quan tổng hợp Cảng Bình Dương về việc ấn định thuế đối với các tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ, có C/O mẫu D, phát sinh từ ngày 1/9/2016 đến nay. Số tiền thuế dự kiến ấn định truy thu lên tới 62,8 tỷ đồng, chưa tính chậm nộp thuế. Căn cứ mà cơ quan Hai quan đưa ấn định mức thuế này là Công văn số 2668a ngày 30/10/2017 của Cục Giám sát quản lý về hải quan (Tổng cục Hải quan).
Theo đại diện một doanh nghiệp, các điều kiện hưởng ưu đãi thuế nhập khẩu 5% đối với mặt hàng đường tinh luyện không thay đổi từ năm 2012 đến nay, nhưng các cơ quan quản lý lại đưa ra các hướng dẫn, chỉ đạo thiếu nhất quán. Hệ quả là gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế, đồng thời tạo ra sự bất an cho cộng đồng doanh nghiệp đối với các chính sách quản lý thuế.
Thực tế việc doanh nghiệp được cấp C/O mẫu D đã chứng minh hàng hóa nhập khẩu đủ điều kiện được hưởng ưu đãi thuế suất đặc biệt. Doanh nghiệp cũng đã thực hiện mở tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, có thực hiện đóng thuế nhập khẩu. Điều này thể hiện đầy đủ bản chất và nguồn gốc của hàng hóa là hàng nhập khẩu để được hưởng ưu đãi thuế suất đặc biệt.
Do vậy, quy định hiện hành yêu cầu hàng hóa phải được nhập khẩu từ khu phi thuế quan vào thị trường nội địa mới được hưởng ưu đãi thuế suất cho hàng nhập khẩu sẽ dẫn tới phát sinh thêm thủ tục, chi phí cho cả doanh nghiệp, lần cơ quan hải quan. Trong khi, yêu cầu mới phát sinh nay không làm thay đổi bản chất đây là hàng nhập khẩu để được hưởng ưu đãi. “Yêu cầu này vô hình trung cũng đã trái tinh thần chỉ đạo của Thủ tướng là giảm bớt thủ tục, chi phí cho doanh nghiệp và các cơ quan nhà nước”, lãnh đạo một doanh nghiệp, bày tỏ.
Đại diện các doanh nghiệp nhập khẩu đường đề nghị được tiếp tục hưởng C/O ưu đãi đặc biệt mà cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ vì bản chất là đường thô nhập từ Thái Lan, Cty Đường Biên Hòa chỉ nhập về tinh chế lại và xuất khẩu tại chỗ. Việc truy thu thuế nếu có chỉ áp dụng khi có văn bản chính thức từ Tổng cục Hải quan cho một thời điểm ấn định trong tương lai, không áp dụng hồi tố để truy thu đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ thực hiện từ 1/9/2016 mà doanh nghiệp đã được cấp C/O hợp lệ.
