Theo ông Ninh, về cơ sở pháp lý, việc bổ nhiệm chức vụ chuyên môn cho các chuyên gia, nhà khoa học của trường dựa trên quyền tự chủ được Thủ tướng cho phép thí điểm. Theo đó, trường phân chức vụ bổ nhiệm ra làm hai loại, gồm chức vụ quản lý và chức vụ chuyên môn. Trong chức vụ chuyên môn gồm có tập sự giảng dạy, trợ giảng, giảng viên, trợ lý giáo sư, giáo sư và phó giáo sư.
Cũng theo ông Ninh, giáo sư do nhà trường bổ nhiệm và giáo sư do nhà nước phong là hoàn toàn khác nhau. “Giáo sư của Hội đồng chức danh Giáo sư nhà nước phong là học hàm, còn giáo sư của trường bổ nhiệm là giáo sư gắn với chức vụ chuyên môn nên khi ra ngoài, việc các trường khác thừa nhận hay không là việc của họ”, ông Ninh nói.
Trước đó, Trường Đại học Tôn Đức Thắng đã tự bổ nhiệm ông Lê Vinh Danh (hiệu trưởng) là giáo sư.