Theo lãnh đạo Tổng cục Hải quan, điểm đột phá nhất của Thông tư 126 là quy định cơ quan hải quan được hạch toán, trừ nợ ngay cho doanh nghiệp ngay sau khi doanh nghiệp nộp thuế.
Trước kia, cơ quan hải quan chỉ hạch toán, trừ nợ cho doanh nghiệp sau khi nhận được xác nhận từ Kho bạc và thời điểm này thường chậm 1 ngày so với thời điểm doanh nghiệp nộp thuế. Với sự ra đời của Thông tư doanh nghiệp sẽ không còn bị treo nợ thuế “oan”, góp phần giảm thời gian thông quan.
Bên cạnh đó, Thông tư 126 tạo thuận lợi tối đa khi cho phép nộp thuế tại 3 nơi, cho phép người nộp thuế thực hiện nộp thuế trực tiếp vào Kho bạc Nhà nước hoặc tại tổ chức tín dụng hoặc lựa chọn nộp tiền thuế bằng chuyển khoản hoặc bằng tiền mặt.
Đặc biệt, Thông tư 126 chú trọng điều chỉnh phương thức trao đổi thông tin giữa các đơn vị liên quan, đảm bảo thông tin về thu nộp thuế được trao đổi online, nhằm khắc phục tình trạng treo nợ thuế của doanh nghiệp do hệ thống. Thời gian truyền thông tin thu theo từng tờ khai từ kho bạc qua cổng thanh toán điện tử hải quan được gia tăng về tần suất, là 15 phút/1 lần thay vì 1 giờ/1 lần như trước kia.
