Tháng 6/2014, Thủ tướng Chính phủ đồng ý chủ trương giao doanh nghiệp Cảng Nha Trang cho tỉnh Khánh Hòa quản lý sau khi đã thực hiện xong cổ phần hóa và Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt phương án chuyển giao. Tháng 11/2014, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án chuyển giao doanh nghiệp Cảng Nha Trang.
Ngày 16/3/2015, Thủ tướng Chính phủ cho phép Vinalines chuyển nhượng 8,5 triệu cổ phần của Cty cổ phần Cảng Nha Trang cho Cty cổ phần Vinpearl Nha Trang (thuộc Vingroup) theo hình thức thỏa thuận trực tiếp, tương đương 34,65% vốn điều lệ (245,39 tỷ đồng) của Cty cổ phần Cảng Nha Trang, UBND tỉnh Khánh Hòa sẽ quản lý và làm đại diện chủ sở hữu phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp đối với 15,07 triệu cổ phần, tương đương 61,43% vốn điều lệ.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu, sau khi tiếp nhận phần vốn Vinalines bàn giao, UBND tỉnh Khánh Hòa thực hiện thoái vốn tại Cty cổ phần Cảng Nha Trang theo hướng Nhà nước không nắm giữ cổ phần chi phối, toàn bộ tiền thu từ thoái vốn, UBND tỉnh Khánh Hòa nộp vào Quỹ hỗ trợ sắp xếp và phát triển doanh nghiệp.
