Sáu năm trước, trạm thu phí Thủ Thiêm được xây dựng để thu phí bảo trì hầm vượt sông Sài Gòn. Tuy nhiên ngay sau đó, thuế bảo trì đường bộ ra đời nên hầm không được phép thu phí nữa để tránh việc người dân phải đóng phí hai lần.
Vì vậy, từ đó đến nay, trạm thu phí này hoàn toàn bị bỏ không. Trong thời gian qua, hầm vượt sông Sài Gòn liên tục bị ùn ứ, quá tải ở làn dành cho xe máy. Bên cạnh việc cấm ô tô, mở làn cho xe máy đi vào giờ cao điểm, Trung tâm quản lý hầm Thủ Thiêm đã đề nghị Sở GTVT và UBND TP.HCM tháo dỡ trạm thu phí này.
Ghi nhận của phóng viên vào ngày 18/12, trạm thu phí Thủ Thiêm nằm trước cửa hầm sông Sài Gòn bên phía quận 2, TPHCM được thiết kế với 12 cabin thu phí hiện đại.
Được xây dựng từ năm 2011 để thu phí bảo trì hầm Thủ Thiêm, dự tính sẽ thu phí xe ô tô lưu thông qua hầm Thủ Thiêm theo cả hai chiều.
Tuy nhiên, ngay sau đó, thuế bảo trì đường bộ ra đời nên hầm Thủ Thêm không được phép thu phí để tránh người dân đóng phí 2 lần. Từ đó đến nay, trạm thu phí này bỏ không.
Sau hơn 6 năm bỏ hoang, nhiều hạng mục của trạm thu phí này đã xuống cấp nặng. Các cabin thu phí với đầy đủ trang thiết bị phục vụ bị bụi bám lâu ngày có dấu hiệu hư hỏng.
Một số cabin bị ô tô va vào gây hư hỏng biến dạng, cửa kính, khung nhôm bị tông vỡ nát lâu ngày nhưng không được sửa chữa, bảo trì. 
Một biển báo giao thông trước cửa trạm thu phí cũng bị ô tô tông gãy nằm rạp trên thềm.
Trước đó, tháng 9/2012, Sở Giao thông Vận tải TP HCM tổ chức cho thu phí thử nghiệm (không thu tiền) trong khoảng một tháng bằng cách quẹt thẻ.
Sau đó những barie ở các làn xe không hoạt động từ khi việc thu phí thử nghiệm kết thúc.
Thời gian vừa qua, khu vực cửa ngõ hầm Thủ Thiêm liên tục xảy ra tình trạng kẹt xe nên Trung tâm quản lý đường hầm sông Sài Gòn đã đề nghị phá bỏ, di dời trạm để tránh cản trở giao thông.
Hiện tại, lưu lượng xe qua hầm tăng nhanh so với năm liền kề trước, thống kê tình hình giao thông từ tháng 9-11/2017 so với cùng thời điểm năm 2016. Từ tháng 9-11/2017, trung bình mỗi ngày có 47,469 lượt ô tô, 270.000 lượt xe máy lưu thông qua hầm.
