Cũng theo Trung tướng Phan Văn Vĩnh, mặc dù chưa nhận được các thông tin, tài liệu chính thức từ phía Nhật Bản, nhưng với mức độ nghiêm trọng của nghi án, lãnh đạo Bộ Công an, Tổng cục Cảnh sát phòng chống tội phạm đã yêu cầu các đơn vị nghiệp vụ tổ chức rà soát, xác minh, tiếp cận các nguồn thông tin trong nước, nhất là từ phía Bộ GTVT...
Đây là vụ “lùm xùm” thứ hai liên quan đến nguồn vốn ODA của Nhật Bản sau vụ Huỳnh Ngọc Sỹ. Năm 2008, cũng xuất phát từ một số tờ báo của Nhật Bản, vụ án Huỳnh Ngọc Sỹ (SN 1953, nguyên Phó Giám đốc Sở GTVT, kiêm Trưởng Ban QLDA Đại lộ Đông - Tây và môi trường nước TPHCM) nhận hối lộ của Cty PCI, có trụ sở chính tại Nhật Bản để cho Cty này thắng thầu dự án Đại lộ Đông-Tây và Môi trường nước TPHCM đã bị phanh phui.
Vào thời điểm đó, Đại sứ Nhật Bản đã có công hàm gửi Bộ Ngoại giao Việt Nam đề nghị thực hiện ủy thác điều tra theo đề nghị của cơ quan Tư pháp Nhật Bản về việc các nhân viên PCI đưa tiền hối lộ cho ông Huỳnh Ngọc Sỹ. Sau khi tiếp nhận yêu cầu của Nhật Bản từ Bộ Ngoại giao, Viện KSND Tối cao tiếp tục ra văn bản gửi Bộ Công an yêu cầu điều tra xác minh theo ủy thác của cơ quan Tư pháp Nhật Bản về lời khai của bốn nhân viên Cty PCI đã đưa tiền hối lộ cho Huỳnh Ngọc Sỹ để được nhận và thực hiện dự án.
Sau một thời gian điều tra, CQĐT Bộ Công an đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can và bắt tạm giam bị can Huỳnh Ngọc Sỹ và Lê Quả - Phó giám đốc Dự án Đại lộ Đông - Tây và Môi trường nước về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ” đối với hành vi cho thuê nhà lấy tiền chia nhau (vì tài liệu lúc này chưa đủ để khởi tố Huỳnh Ngọc Sĩ về tội nhận hối lộ).
Quá trình điều tra vụ án Huỳnh Ngọc Sỹ, phía Nhật Bản cũng đã chuyển cho cơ quan chức năng của Việt Nam hơn 3.000 trang tài liệu liên quan. Sau khi dịch thuật và được Bộ Tư pháp xác định tài liệu phù hợp với Luật Tương trợ tư pháp, Luật Tố tụng hình sự Việt Nam thì số tài liệu trên mới được coi là nguồn chứng cứ để xác định, đánh giá, làm sáng tỏ vụ án…
