Theo quy định của Luật TTĐB, từ năm 2013 bia sẽ chịu mức thuế suất là 50%. Tại Thông tư 05 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế TTĐB quy định: Trường hợp cơ sở sản xuất hàng hóa chịu thuế TTĐB bán hàng qua các cơ sở kinh doanh thương mại thì giá làm căn cứ tính thuế là giá bán của cơ sở sản xuất nhưng không được thấp hơn 10% so với giá bán bình quân của sơ sở kinh doanh đó bán ra. Tuy nhiên để giảm số thuế TTĐB phải nộp cho ngân sách nhà nước, một số doanh nghiệp sản xuất hàng hóa chịu thuế TTĐB đã thành lập các công ty con để thực hiện bán hàng và kê khai thuế TTĐB.
Cụ thể, qua kiểm toán tại Sabeco cho thấy, đơn vị trên đã thành lập và bán bia của mình qua Cty Thương mại Sabeco (Cty con của mình). Sabeco tính thuế TTĐB cho từng sản phẩm căn cứ vào giá bán ra của Cty con trên. Nhưng Cty con trên lại chưa bán bia đến tay người tiêu dùng mà lại bán bia cho 10 Cty Cổ phần Thương mại khu vực (do Sabeco chi phối). Rồi 10 công ty trên mới bán sản phẩm bia cho các đại lý cấp 1. Đại lý cấp 1 mới bán cho các đại lý cấp 2, nhà hàng, người tiêu dùng với giá cao hơn… Vì thế, KTNN yêu cầu Sabeco phải nộp Ngân sách nhà nước là 408 tỷ đồng. Ngoài ra, KTNN cũng đề nghị Bộ Tài chính nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung các quy định tại Thông tư 05, trong đó cần quy định rõ giá tính thuế TTĐB trong trường hợp cơ sở kinh doanh thương mại độc lập với cơ sở sản xuất và cơ sở kinh doanh thương mại là Cty con của cơ sở sản xuất thuộc cùng hệ thống sản xuất - tiêu thụ sản phẩm để tránh thất thu thuế TTĐB.
Trước yêu cầu của KTNN, Sabeco đã liên tiếp có các văn bản gửi Bộ Tài chính, Bộ Công Thương, Tổng cục Thuế trong đó khẳng định đã thực hiện theo đúng Luật Thuế TTĐB và Thông tư 05 của Bộ Tài chính. Sabeco cũng cho rằng, trong trường hợp Bộ Công Thương, Bộ Tài chính chấp thuận kiến nghị của KTNN để nộp bổ sung thuế TTĐB thì theo Luật Quản lý Thuế năm 2012, thì đơn vị sẽ bị hồi tố tiền thuế TTĐB từ năm 2008 đến nay với số tiền ước tính là 3.500 tỷ đồng. Bên cạnh đó, Sabeco cũng phải gánh chịu khoản giảm lợi nhuận xấp xỉ từ 350 - 400 tỷ đồng/năm, tương ứng với tổng số tiền là 4.000 tỷ đồng kể từ năm 2008 đến nay. Trong khi đó các khoản lợi nhuận từ năm 2008 đến năm 2014, đơn vị đã thực hiện chia cổ tức cho cổ đông.
Sabeco cho rằng, nếu thực hiện kết luận kiểm toán thì đơn vị sẽ phải đối mặt với nhiều rủi ro từ việc khiếu kiện, khiếu nại từ các đơn vị cũng như cổ đông. Vì thế đơn vị trên kiến nghị Bộ Công Thương kiến nghị với Chính phủ có buổi làm việc với KTNN, Bộ Tài chính để xử lý dứt điểm việc kiến nghị thu và hồi tố cũng như hướng dẫn việc kê khai nộp thuế cho năm 2014 và những năm tới.
