Nguyên nhân giải ngân vốn ODA chậm do địa phương thiếu vốn đối ứng để thực hiện dự án. Tiêu biểu như Bộ GTVT đề xuất dự kiến giải ngân khoảng 9.313 tỷ đồng trên tổng số 14.480 tỷ đồng kế hoạch được Quốc hội phân bổ.
Ngoài ra, các bộ, ngành địa phương khi xây dựng kế hoạch trung hạn 2016-2020 còn lúng túng, đề xuất hạn mức cho các dự án chưa sát với tiến độ, khả năng giải ngân thực tế. Trong quá trình xây dựng kế hoạch, các bộ ngành và địa phương không tuân thủ đúng nguyên tắc, tiêu chí và thời gian theo quy định cũng dẫn đến việc bố trí vốn sai quy định, kéo dài thời gian rà soát và giao kế hoạch vốn.
Trong khi đó, giải ngân vốn ODA còn chậm do dự án chưa hoàn thiện thủ tục đầu tư, đang trong quá trình điều chỉnh tổng mức đầu tư hoặc gia hạn hiệp định vay.
Nhiều dự án trong giai đoạn thực hiện điều chỉnh tổng mức đầu tư nên mặc dù có dự án có khả năng giải ngân cao nhưng không đủ căn cứ pháp lý để bố trí kế hoạch vốn. Tiêu biểu như 4/7 dự án đường sắt đô thị tại Hà Nội và TPHCM. Một số dự án được bố trí kế hoạch đủ kế hoạch vốn nhưng không thể giải ngân được do những vướng mắc trong khâu giải phóng mặt bằng và tái định cư.
