Tháng 4/2013, ông Trần Ngọc Thành từ vị trí Vụ trưởng Vụ Vận tải (Bộ GTVT) được bổ nhiệm làm Chủ tịch Hội đồng Thành viên ĐSVN. Trong thời kỳ ông Thành làm chủ tịch, việc tái cơ cấu, cổ phần hóa các đơn vị thành viên tổng công ty này được triển khai trên diện rộng. Tuy nhiên, ĐSVN dưới thời ông Thành xảy ra một số vấn đề khiến dư luận bức xúc như, xúc tiến mua 106 toa tàu cũ của Trung Quốc trái chủ trương của Chính phủ (ông Thành là người trực tiếp chỉ đạo thực hiện nhưng Tổng GĐ Cty Vận tải Đường sắt Hà Nội - công ty thành viên của ĐSVN - lại bị chuyển công tác vì sự việc này).
Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra nhiều sai phạm nghiêm trọng tại tổng công ty này của thời kỳ trước và trong khi ông Thành tại vị như: Định chuyển nhượng lô đất vàng tại 80 Lý Thường Kiệt với giá rẻ, mua vật tư giá cao, nhiều hạng mục đã thừa công suất vẫn đầu tư. Một phần kết luận, Thanh tra Chính phủ nêu: “Tổng Cty ĐSVN đã xem thường lợi ích Nhà nước, của doanh nghiệp, lợi dụng thủ tục góp vốn và thực hiện việc góp vốn trái chủ trương quy định để hợp thức hóa việc chuyển nhượng tài sản không qua đấu giá, đấu thầu” .
Ông Vũ Anh Minh từ vị trí Phó Vụ trưởng Vụ Quản lý doanh nghiệp Bộ GTVT nhậm chức vụ trưởng vụ này cách đây 2 năm sau kỳ thi tuyển của Bộ GTVT. Ông Minh đã tham mưu cho Bộ GTVT thực hiện đề án tái cơ cấu doanh nghiệp của ngành với việc chuyển đổi thành công mô hình hoạt động của nhiều doanh nghiệp lớn như Tổng Cy Hàng không Việt Nam, Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV) và cổ phần hoá một số đơn vị sự nghiệp công lập thuộc ngành này như Bệnh viện GTVT Trung ương.
