Các bị can này bị cáo buộc đã nhận và có liên quan tới vụ nhận lót tay hàng chục triệu Yên Nhật của Cty tư vấn giao thông Nhật Bản (JTC), gồm: Trần Quốc Đông (SN 1964), nguyên Phó Tổng giám đốc Tổng Cty Đường sắt Việt Nam, nguyên Giám đốc Ban quản lý các dự án đường sắt (RPMU); Phạm Hải Bằng (SN 1969) và Phạm Quang Duy (SN 1975), đều là Phó giám đốc RPMU; Nguyễn Nam Thái (SN 1977), Trưởng phòng dự án 3 – RPMU; Trần Văn Lục (SN 1958) và Nguyễn Văn Hiếu, cùng nguyên Giám đốc RPMU.
Theo cáo trạng, tháng 9/2009, ông Phạm Hải Bằng với vai trò Chủ nhiệm dự án đường sắt đô thị Tuyến số 1 (giai đoạn I) đã đại diện Tổng Cty đường sắt Việt Nam ký hợp đồng dịch vụ tư vấn kỹ thuật dự án với Cty tư vấn giao thông Nhật Bản (JTC) và một số Cty khác. Trong quá trình tổ chức thực hiện hợp đồng, ông Bằng đã đề cập tới một số khó khăn về kinh phí triển khai và phía JTC đồng ý hỗ trợ.
Sau khi có thỏa thuận trên, bị can Bằng thông báo cho Phạm Quang Duy (lúc đó là Trưởng phòng dự án 3 - RPMU) cùng Nguyễn Nam Thái biết để thực hiện. Từ tháng 9/2009 - tháng 2/2014, JTC đã chuyển tổng cộng 11 tỷ đồng (69,9 triệu Yên Nhật) cho ông Bằng, Thái, Nam. Toàn bộ số tiền này đã được các bị can sử dụng cho các chi phí tiếp khách, in ấn tài liệu, hội họp đi lại, làm ngoài giờ, nghỉ mát… đồng thời trích đưa cho các ông Trần Quốc Đông 30 triệu đồng; ông Trần Văn Lục 100 triệu đồng và Nguyễn Văn Hiếu 50 triệu đồng vào các dịp Tết. Cơ quan tố tụng xác định, hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn để thỏa thuận nhà thầu JTC chi tiền ngoài hợp đồng của các bị can làm ảnh hưởng đến uy tín Việt Nam, ảnh hưởng đến quan hệ hợp tác giữa Việt Nam và Nhật Bản trong việc vay, sử dụng vốn ODA.
Còn các bị can Trần Văn Lục, Trần Quốc Đông, Nguyễn Văn Hiếu biết việc nhận tiền từ nhà thầu JTC của ông Phạm Hải Bằng nhưng không có động thái ngăn cản, để sự việc diễn ra trong thời gian dài. Quá trình điều tra, bị can Bằng đã tự nguyện nộp tiền vào tài khoản của Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an để khắc phục hậu quả số tiền 970 triệu đồng và 7.000 USD.
