Liên quan đến dự án này, năm 2016, Thanh tra Chính phủ (TTCP) sau quá trình vào cuộc đã phát hiện và công bố nhiều sai phạm, sau đó đã chuyển hồ sơ sang Bộ Công an để điều tra làm rõ. Trong quá trình điều tra, cơ quan công an làm rõ các hành vi vi phạm pháp luật, gây thiệt hại cho dự án nêu trên. Cụ thể, đối với ông Vũ Thanh Hà, từ tháng 12/2007 – 12/2009, với trách nhiệm là thành viên HĐQT, tổng giám đốc, đã ký quyết định phê duyệt kết quả chỉ định gói thầu TK 05 thuộc dự án Ethanol Phú Thọ nhưng không tổ chức thẩm định theo quy định.
Ông Hà ký quyết định phê duyệt kết quả chỉ định thực hiện gói thầu cho nhà thầu khi chưa có chủ trương đồng ý của HĐQT, không được HĐQT ủy quyền cho ký là trái với quy định. Mặc dù chưa có hạng mục nào hoàn thành, bàn giao cho chủ đầu tư, nhưng tính đến tháng 10/2014, PVB vẫn thanh toán cho nhà thầu hơn 1,5 tỷ đồng.
Đáng chú ý, dự án đã dừng thi công từ năm cuối 2011 do nhà thầu không đủ năng lực, nhưng tính đến 30/4/2018, PVB đã phải trả tiền lãi cho ngân hàng hơn 600 tỷ đồng, đây cũng được coi là thiệt hại trong dự án.
Ngày 29/6/2018, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can, bắt tạm giam ông Vũ Thanh Hà (56 tuổi, nguyên Tổng giám đốc Công ty cổ phần hóa dầu và nhiên liệu sinh học dầu khí - PVB) để điều tra về hành vi vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng trong quá trình thực hiện dự án Nhà máy nhiên liệu sinh học Phú Thọ do PVB làm chủ đầu tư.
Theo TTCP, việc dự án Ethanol Phú Thọ bị đội vốn là do các chủ đầu tư và nhà thầu có nhiều sai phạm. Cụ thể, tại Nhà máy ethanol Phú Thọ, chủ đầu tư PVB sau khi lập xong dự án đã chào thầu theo quy định. Thế nhưng, PVN khi đó đã có văn bản chỉ đạo các đơn vị liên quan giao cho PVC thực hiện theo hình thức chỉ định thầu. Thời điểm được chỉ định thầu và ký hợp đồng trọn gói EPC với trị giá hơn 59 triệu USD, PVC chưa từng thực hiện dự án nhiên liệu sinh học nào hoặc các dự án có tính chất tương tự.
Thêm vào đó, theo quy định hợp đồng, nhà thầu PVC phải có bảo lãnh việc thực hiện hợp đồng 1,293 triệu USD và tạm ứng 20% giá trị hợp đồng, tương ứng số tiền 8,62 triệu USD. Tuy nhiên, PVC đã được PVN và chủ đầu tư cho miễn thực hiện các khoản này. Dù, giữa chủ đầu tư và PVC đã có cam kết không để phát sinh chi phí nhưng trong quá trình thực hiện, PVB đã nhiều lần có văn bản điều chỉnh lại hợp đồng EPC, đây cũng là yếu tố dẫn đến tổng mức đầu tư dự án ban đầu là 1.317 tỷ đồng bị đội lên thành 2.484 tỷ đồng.
TTCP cũng chỉ rõ, trong quá trình thi công, do PVC thiếu năng lực cả về kỹ thuật, tài chính lẫn kinh nghiệm nên dự án phải tạm dừng thi công, vi phạm hợp đồng, gây hậu quả nghiêm trọng. Toàn bộ máy móc thiết bị lắp đặt bị han gỉ, vốn đầu tư chưa được phát huy phải phát sinh các khoản về lãi vay. Theo báo cáo của chủ đầu tư, dự án bị tạm ngừng phát sinh khoản chi phí 392 tỷ đồng, gồm các khoản bảo dưỡng thiết bị, lãi vay, quản lý dự án...
Một số bị can trong vụ án Mở rộng điều tra vụ án “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Công ty cổ phần Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí (Vụ án Ethanol Phú Thọ), ngày 14/11/2018, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã tống đạt Quyết định khởi tố bị can, thực hiện Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét và các Quyết định phê chuẩn của Viện kiểm sát nhân dân tối cao về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” quy định tại Điều 224 Bộ luật Hình sự, đối với: Nguyễn Xuân Thủy (sinh năm 1961), nguyên Phó Trưởng Phòng Đầu tư dự án Công ty cổ phần Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí; Khương Anh Tuấn (sinh năm 1975), nguyên Phó Trưởng Phòng Thương mại Công ty cổ phần Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí; Hoàng Đình Tâm (sinh năm 1981), nguyên Trưởng Phòng Tài chính – Kế toán Công ty cổ phần Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí. Đồng thời, thực hiện tống đạt Quyết định khởi tố bị can, Lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú và thực hiện Lệnh khám xét, đối với: Lê Thanh Thái (sinh năm 1960), Trưởng Phòng Thương mại Công ty cổ phần Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí. Vụ án đang được tiếp tục điều tra và xử lý theo quy định của pháp luật.
