Mặc dù có hương vị thơm ngon và vị ngọt dễ uống nhưng trà sữa lại chứa rất nhiều đường không tốt cho sức khỏe.
Uống nhiều trà sữa khiến lượng đường nạp vào cơ thể tăng cao, từ đó dẫn đến tình trạng thừa cân, béo phì, thậm chí là sỏi thận do thừa canxi
Trong trà sữa còn có hương liệu và phẩm màu thực phẩm. Nếu hai nguyên liệu này được sử dụng quá ngưỡng cho phép có thể dẫn đến ngộ độc cho người sử dụng, nhất là trẻ nhỏ do bộ máy tiêu hóa còn yếu
Thậm chí, nếu sử dụng trà sữa không đảm bảo chất lượng trong thời gian dài sẽ gây tổn thương cho gan, thận.
Đặc biệt, với trẻ nhỏ, hạt trân châu còn có thể gây ra hóc dị vật, thậm chí dẫn đến tử vong.
Đối với nam giới, trà sữa còn làm tăng khả năng vô sinh do nó làm ảnh hưởng đến chất lượng tinh trùng
Với nữ giới, trà sữa cũng ảnh hưởng đến khả năng sinh sản vì làm tăng nguy cơ ung thư, tim mạch và vô sinh.
Ngoài ra, theo các nhà khoa học, sự kết hợp giữa trà và sữa là phản khoa học.
Sữa sẽ làm tiêu diệt hết các công dụng của trà, đồng thời canxi có trong sữa sẽ bị đào thải trước khi cơ thể kịp hấp thu.