Theo Cục Thuế Hà Nội, trong thời gian từ 1/7/2016 đến năm 2017, Cục Thuế Hà Nội đã thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT) cho VEC thành 9 đợt, tổng số tiền hoàn thuế VAT hơn 949,7 tỷ đồng, theo hình thức hoàn thuế trước kiểm tra sau.
Trong quá trình thanh tra sau hoàn thuế VAT đối với VEC, Cục Thuế Hà Nội phát hiện VEC không đáp ứng đủ điều kiện để được hoàn thuế VAT đối với dự án đầu tư.
Do đó, Cục Thuế Hà Nội đã ban hành 2 quyết định thu hồi số tiền thuế VAT đã hoàn, với số tiền hơn 949,7 tỷ đồng đã hoàn cho VEC trước đó, và tiền chậm nộp hơn 83,46 tỷ đồng. Tổng số thuế phải thu hồi và tiền chậm nộp là hơn 1.033 tỷ đồng.
Tuy nhiên, do VEC chưa thực hiện quyết định của cơ quan thuế, ngày 28/5/2019, Cục thuế Hà Nội đã ban hành 5 quyết định cưỡng chế thuế bằng biện pháp trích tiền từ tài khoản của VEC tại 5 ngân hàng thương mại, thời gian từ tháng 6-7/2019.
Theo Cục Thuế Hà Nội, đơn vị này chỉ trích số tiền từ tài khoản ngân hàng của VEC, không phải phong tỏa tài khoản, không thực hiện khấu trừ lương, thu nhập của người lao động... như nội dung VEC phản ánh trong công văn 2398/CV-VEC gửi Bộ Tài chính.
Hiện VEC đang gặp nhiều khó khăn trong hoạt động, khi các vấn đề về nội bộ "lục đục", các lãnh đạo công ty bất đồng, thiếu hợp tác với nhau trong thực hiện nhiệm vụ.
