Bộ Công Thương đánh giá nguyên nhân chủ yếu là do công tác thiết kế. Kết cấu tháp van hầm dẫn dòng là kết cấu chịu lực quan trọng, phức tạp, nhưng đơn vị tư vấn thiết kế không thực hiện tính toán kết cấu ở giai đoạn thiết kế kỹ thuật.
Ngoài ra, ở giai đoạn thiết kế bản vẽ thi công, tư vấn thiết kế có tính toán nhưng phương pháp tính toán chưa phù hợp nên vẫn thiếu cốt thép chịu lực trụ pin tháp van hầm dẫn dòng. Kết quả thí nghiệm trong phòng mẫu bê tông tại các vị trí khác nhau cho thấy các chỉ tiêu cơ lý không đạt yêu cầu, có 40% chỉ tiêu cường độ kháng nén của bê tông thấp hơn so với yêu cầu của thiết kế, không đạt về cường độ chịu nén, 86% mẫu không đạt cường độ chịu kéo thiết kế và 100% mẫu không đạt dung trọng thiết kế… Trên cơ sở các kết quả tính toán, tư vấn kiểm định đã loại bỏ các nguyên nhân khách quan (mưa, lũ, tích nước hồ muộn so với tiến độ...), đi đến kết luận sự cố công trình là do nguyên nhân chủ quan, trong đó nguyên nhân trực tiếp là do chất lượng thiết kế và thi công công trình hầm dẫn dòng không đạt yêu cầu.
Bộ Công Thương cũng cho rằng, sự cố hầm dẫn dòng thi công công trình thủy điện Sông Bung 2 đã khiến tiến độ phát điện của dự án bị chậm lại 1 năm. Đây là sự cố gây thiệt hại về người và vật chất nhiều tỷ đồng, liên quan đến nhiều tập thể, cá nhân trong quá trình đầu tư xây dựng công trình cần phải được cơ quan chức năng xem xét, xử lý nghiêm. Ngoài việc đòi bồi thường thiệt hại theo hợp đồng với nhà thầu, EVN được yêu cầu tổ chức kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân, tổ chức có liên quan, đề xuất hình thức kỷ luật là thi hành kỷ luật theo quy định, báo cáo Bộ Công Thương và Thủ tướng Chính phủ.
