Trước những vấn đề liên quan đến sách VNEN, Bộ GD&ĐT đã có những giải trình cụ thể.
Bộ GD&ĐT cho biết, Dự án mô hình VNEN triển khai từ 2012 và đã tổng kết vào tháng 5/2016. Phương thức dạy học theo mô hình VNEN tập trung thay đổi hình thức tổ chức dạy học và phương pháp dạy học, trong đó phát huy được tính tích cực, chủ động của học sinh dưới sự hướng dẫn của giáo viên trên cơ sở thực hiện các nội dung dạy học được quy định trong chương trình giáo dục phổ thông hiện hành.
Sách Hướng dẫn học theo mô hình VNEN được biên soạn theo Chương trình giáo dục phổ thông hiện hành.
Học sinh sử dụng sách hướng dẫn học theo mô hình VNEN thay cho SGK hiện hành, trừ các môn Âm nhạc, Mỹ thuật, Thể dục chỉ biên soạn sách "Hoạt động giáo dục" dành cho giáo viên để tổ chức hoạt động học cho học sinh.
Đối với các môn Âm nhạc, Mỹ thuật học sinh vẫn sử dụng SGK hiện hành để thực hiện các nhiệm vụ học tập do giáo viên giao. Các bài học trong sách Hướng dẫn học theo mô hình VNEN được thiết kế thành các hoạt động học để giáo viên hướng dẫn học sinh tự lực nghiên cứu để tiếp nhận và vận dụng kiến thức, dành nhiều thời gian trên lớp để tổ chức cho học sinh thực hành, báo cáo, thảo luận, phát triển năng lực.
Do vậy, sách Hướng dẫn học có số trang nhiều hơn SGK thông thường, được in 4 màu, khổ sách 19x27cm, chủng loại giấy in tốt hơn,… (SGK thông thường khổ sách 17x24cm) nên có giá cao hơn sách giáo khoa thông thường khoảng 1,5-1,6 lần. Giá sách Hướng dẫn học theo mô hình VNEN cũng do Bộ Tài chính quản lí như đối với sách giáo khoa.
Trước đó, theo khảo sát của Ủy ban VHGDTNTN&NĐ Quốc hội, năm 2017, sách VNEN được in, phát hành tăng gấp 5 lần so với năm 2014 với sản lượng là trên 10 triệu bản.
Doanh thu từ sách VNEN năm 2017 nếu tính theo sản lượng phát hành và giá bán, đạt khoảng 300 tỷ đồng/năm, tương được 1/3 doanh thu từ SGK thường.
Đặc biệt, sách VNEN và tài liệu tiếng Việt lớp công nghệ giáo dục trong giai đoạn 2012 – 2017 không được bán trên thị trường mà được phân phối độc quyền bởi các công ty cong và công ty thành viên của nhà xuất bản giáo dục Việt Nam thông qua sở GD&ĐT các tỉnh, thành phố, phòng GD&ĐT các quận/huyện/thị xã; các trường tiểu học, THCS trên cơ sở rà soát nhu cầu sử dụng các bộ sách này hàng năm.
Được biết, NXB Giáo dục Việt Nam chỉ in sách VNEN một lần vào đầu năm học. Sách do công ty cổ phần đầu tư và phát triển giáo dục Hà Nội, là công ty thành viên của NXB Giáo dục Việt Nam phát hành.
Được biết, cũng như SGK, Bộ GD&ĐT đã chỉ đạo dùng lại sách VNEN, giá sách được Bộ Tài chính duyệt. Năm nay, giá đã được điều chỉnh tương đương giá SGK thường.