Theo kết luận thanh tra, tháng 4/2005, Thủ tướng Chính đồng ý chủ trương cho TISCO đầu tư dự án công suất sản xuất phôi thép từ 250.000 tấn lên 750.000 tấn/năm. Đến tháng 8/2012, trên cơ sở báo cáo của TISCO, Tổng công ty Thép Việt Nam (VNS) có văn bản gửi Bộ Công thương và bộ này đã báo cáo Thủ tướng đề nghị điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án từ hơn 3.800 tỷ đồng lên hơn 8.100 tỷ đồng. Đến tháng 11/2012, Văn phòng Chính phủ có văn bản thông báo ý kiến của phó thủ tướng giao Bộ Công thương tiếp thu ý kiến của các bộ, ngành về đề nghị tăng tổng mức đầu tư dự án…Đến tháng 5/2013, Chủ tịch HĐQT TISCO ký quyết định phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án tăng thêm hơn 4.200 tỷ đồng, thời gian thực hiện đến hết năm 2014 đi vào hoạt động.
Thanh tra Chính phủ cho rằng việc điều chỉnh, tăng tổng mức đầu tư tăng thêm 4.200 tỷ đồng là thiếu cơ sở pháp lý, ảnh hưởng hiệu quả dự án. Mặt khác, thực tế dự án này đã kéo dài, chậm tiến độ trên 10 năm, đã tạm dừng thi công từ năm 2013 đến nay. Mặc dù tổng mức đầu tư của dự án đã tăng nhưng toàn bộ các hạng mục chính chưa hoàn thành. Nhà thầu là Công ty Tập đoàn xây lắp luyện kim Trung Quốc chưa chuyển đủ thiết bị theo danh mục, tình trạng máy móc thiết bị hư hỏng, sai khác về xuất xứ, thông số kỹ thuật làm ảnh hưởng đến tiến độ, chất lượng dự án.
Vẫn theo kết luận của TTCP, tổng giá trị thanh toán tính đến 31/12/2016 của dự án này gần 4.500 tỷ đồng, trong đó chi phí thiết bị hơn 2.100 tỷ đồng, chi phí xây dựng gần 1.000 tỷ... Tổng dư nợ gốc, lãi vay ngân hàng phải trả của dự án là 3.900 tỷ đồng.
Đáng chú ý, kết luận thanh tra cũng chỉ rõ, Văn phòng Chính phủ có 2 văn bản trình phó thủ tướng và thông báo ý kiến của phó thủ tướng, trong đó có nội dung đồng ý TISCO thanh toán các khoản chi phí trả cho MCC (vật tư và thiết bị hư hỏng bởi gỉ sét, lão hóa do để lưu kho bãi lâu ngày...)….không đúng với hợp đồng EPC, quy định pháp luật về đầu tư.
Trước những dấu hiệu vi phạm pháp luật được phát hiện trong quá trình thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo cơ quan điều tra vào cuộc làm rõ, trong đó có sai phạm liên quan đến việc tổng giám đốc TISCO và một số cán bộ ký hợp đồng, văn bản tiếp nhận nhiều loại máy móc, thiết bị không đúng chủng loại, thông số kỹ thuật; phê duyệt và thanh toán nhiều khoản tiền cho nhà thầu vi phạm quy định.
Ngoài ra, TTCP cũng chuyển kết luận thanh tra đến Ủy ban Kiểm tra trung ương đề nghị xem xét, xử lý theo thẩm quyền đối với cán bộ, đảng viên có khuyết điểm, sai phạm thuộc diện Bộ Chính trị, Ban Bí thư quản lý.
