Hội đồng Hiệu trưởng gồm có 46 trường đại học đóng trên địa bàn, bao gồm các trường công lập, dân lập, tư thục, nước ngoài, được chia làm 5 khối ngành khác nhau như: Sức khỏe, Sư phạm, Văn hóa - Nghệ thuật - Du lịch - Xã hội và Nhân văn, Kỹ thuật - Công nghệ và Kinh tế, Chính trị - pháp luật do Chủ tịch UBND thành phố Nguyễn Thành Phong làm Chủ tịch.
Phó Chủ tịch Hội đồng có 3 thành viên, bao gồm bà Nguyễn Thị Thu (Phó Chủ tịch UBND thành phố), ông Lê Hồng Sơn (Giám đốc Sở GD&ĐT), ông Nguyễn Đông Phong (Bí thư Đảng ủy khối các trường đại học - cao đẳng - trung cấp chuyên nghiệp).
Theo Chủ tịch UBND thành phố Nguyễn Thành Phong, việc thành lập Hội đồng Hiệu trưởng các trường đại học nhằm mục đích huy động các nguồn nhân lực trí tuệ, phục vụ cho các chương trình đột phá và triển khai các đề tài theo đơn đặt hàng của TPHCM.
