Ba đồng phạm của ông Chung trong vụ án là Phạm Quang Dũng - nguyên cán bộ công an; Nguyễn Hoàng Trung - nguyên chuyên viên Phòng thư ký biên tập và Nguyễn Anh Ngọc - nguyên Phó trưởng phòng Thư ký biên tập, UBND TP Hà Nội. Tại tòa, ông Nguyễn Đức Chung có 4 luật sư bào chữa trong đó có ông Trương Trọng Nghĩa - Đại biểu Quốc hội khóa XIV. Các bị cáo còn lại mỗi người có 1 luật sư bào chữa.
Đáng chú ý, vụ án liên quan ông Nguyễn Đức Chung sẽ được xét xử kín và do thẩm phán Trương Việt Toàn - Phó chánh tòa Hình sự TAND TP Hà Nội làm chủ tọa.
Một số chuyên gia pháp luật cho rằng do tài liệu mà các bị cáo chiếm đoạt được xác định là tài liệu mật liên quan vụ án Nhật Cường đang trong quá trình điều tra nên theo quy định của Luật bảo vệ bí mật nhà nước, vụ ông Nguyễn Đức Chung sẽ được xét xử kín.
Theo lãnh đạo TAND TP Hà Nội, mặc dù xử kín nhưng phần tuyên án sẽ công khai và hội đồng xét xử chỉ đọc phần quyết định trong bản án. Khi công khai kết quả xét xử, báo chí sẽ được dự để đưa tin phần này.
Theo cáo trạng, quá trình điều tra vụ án “Buôn lậu; Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; Rửa tiền; Vi phạm quy định về đấu thầu” xảy ra tại Cty TNHH TM và DV Nhật Cường và một số đơn vị liên quan, cảnh sát xác định ông Nguyễn Đức Chung và vợ là Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa đều là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan. Để nắm thông tin về quá trình điều tra, ông Chung đã tìm gặp Phạm Quang Dũng - người được trưng dụng tham gia hỗ trợ điều tra vụ án Nhật Cường. Sau khi ông Chung đề nghị, Dũng đồng ý và nhiều lần cung cấp cho ông Chung các tài liệu liên quan đến vụ án Nhật Cường, các tài liệu này thuộc danh mục bí mật Nhà nước.
Cụ thể, bị cáo Dũng đã dùng điện thoại chụp lại các tài liệu bản thân được tiếp cận hoặc chụp trộm lại các báo cáo liên quan đến vụ án. Từ tháng 7/2019- 6/2020, ông Dũng đã 5 lần thu thập 9 tài liệu thuộc vụ án Nhật Cường rồi chuyển cho Chủ tịch Hà Nội Nguyễn Đức Chung qua phần mềm Viber, zalo, email hoặc thông qua lái xe riêng của ông Chung mang về. Cũng theo cáo trạng, bị cáo Ngọc và Trung tham gia in, chỉnh sửa 3 tài liệu “Mật” được điều tra viên Dũng gửi cho ông Chung. Vào dịp Tết Nguyên đán năm 2020, bị cáo Dũng đã nhận 10.000 USD của ông Nguyễn Đức Chung, hiện đã nộp lại cho cơ quan điều tra. Do chưa có điều kiện làm rõ nên phía điều tra tách khoản tiền này ra xử lý sau.
Quá trình điều tra, ông Chung đã thừa nhận, khai báo hành vi phạm tội, ăn năn hối cải. Bị can nhiều lần được các cấp khen thưởng vì có thành tích xuất sắc trong công tác, được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân, có tiền sử bị bệnh ung thư, phạm tội lần đầu, được áp dụng các tình tiết giảm nhẹ quy định tại khoản 1 và 2 điều 51 Bộ luật hình sự.