Việc không bố trí vốn cho dự án tuyến metro số 1 theo lý giải của Bộ Kế hoạch Đầu tư là do QH chưa có ý kiến về điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án theo quy định và chưa xác định giá trị vay lại nguồn vốn ODA khiến Bộ chưa có cơ sở xác định phần vốn kế hoạch ngân sách trung ương cấp phát trong tổng mức đầu tư.
Trong nhiều báo cáo, UBND TPHCM cho biết dự án tuyến metro số 1 được “thai nghén” vào năm 2006, đến năm 2007, UBND TPHCM duyệt với tổng mức đầu tư gần 17.400 tỷ đồng (hơn 126.500 triệu Yên Nhật), thuộc nhóm A, không phải trình Quốc hội phê duyệt chủ trương đầu tư. Năm 2009, tư vấn chung của dự án đã tính toán và xác định lại, tổng mức đầu tư hơn 47.300 tỷ đồng (hơn 235.500 triệu Yên Nhật), tức đội vốn gần 30.000 tỷ đồng. Việc đội vốn theo UBND TPHCM là do tăng khối lượng xây dựng nhằm đem lại hiệu quả đầu tư; nguyên, nhiên liệu tăng giá và việc tăng lương tối thiểu từ năm 2006 đến năm 2009; trượt giá giữa đồng Yên Nhật so với đồng Việt Nam…
Tháng 8/2011, sau khi lấy ý kiến các bộ ngành, Thủ tướng cho phép UBND TPHCM phê duyệt điều chỉnh dự án với tổng mức đầu tư mới là hơn 47.300 tỷ đồng. Tại thời điểm này, theo quy định của Luật Đầu tư công thì dự án phải thuộc diện trình lại Quốc hội phê duyệt chủ trương đầu tư nhưng Thủ tướng vẫn cho phép TPHCM tiếp tục thực hiện dự án vì có phát sinh tiêu chí công trình trọng điểm.
Trao đổi với Tiền Phong chiều 22/5, một chuyên gia thuộc MAUR cho biết để tranh thủ được nguồn vốn vay ODA từ JICA (cơ quan hợp tác Quốc tế Nhật Bản), TPHCM thuê tư vấn trong nước lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi. Tổng mức đầu tư ban đầu là dựa theo thiết kế này. Do chưa có kinh nghiệm về metro và theo tiêu chí “ngon, bổ, rẻ”, tư vấn lập báo cáo nghiên cứu trên cơ sở tiết kiệm nên khi trình ra thì không đạt yêu cầu của JICA. Do đó, UBND TPHCM đã đề nghị Cơ quan hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) tuyển chọn tư vấn độc lập để làm. JICA chọn 2 đơn vị của Singapore, trong đó có công ty quản lý hầu hết hệ thống metro của nước này. Nói nôm na, tư vấn trong nước đề xuất làm nhà tranh, thời gian sử dụng trong 10 năm nhưng JICA muốn xây nhà tường, thời gian sử dụng dài hơn, tiện nghi, hiện đại hơn.
Tuy nhiên, báo cáo kết quả kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ ra chỉ tính riêng việc thay đổi kết cấu dầm đã làm tăng giá trị công trình 1.420 tỷ đồng. Dự án đã xác định đơn giá và tính toán sai khối lượng tại một gói thầu làm tăng dự toán hơn 1.600 tỷ đồng và việc tăng quy mô nhà ga đã làm tăng 3.224 tỷ đồng… Từ đó, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị xử lý gần 2.900 tỷ đồng.
