Liên quan đến công tác thu hồi nợ thuế năm 2016 và 9 tháng năm 2017 thuộc lĩnh vực hải quan quản lý, thống kê cho thấy, số nợ tại thời điểm 30/9/2017 giảm so với thời điểm 31/12/2016. Trong đó, cả 2 nhóm: nợ khó thu và nợ chờ xóa, xét miễn, giảm, khoanh, giãn, gia hạn đều giảm. Tuy nhiên, nhóm nợ được đánh giá có khả năng thu hồi lại tăng 194 tỷ đồng.
Theo Tổng cục Hải quan (TCHQ), nguyên nhân tăng của nhóm có khả năng thu là do ấn định thuế từ công tác kiểm tra sau thông quan. Trong đó, riêng Cục Hải quan TPHCM chiếm 90% nợ tăng của toàn ngành tương đương 900 tỷ đồng. Lý do bởi nhiều doanh nghiệp vẫn đang khiếu nại đến TCHQ, khiếu kiện ra tòa án, dẫn đến số nợ của toàn ngành vẫn chưa được xử lý một cách tích cực.
TCHQ đã có nhiều công văn chỉ đạo và yêu cầu Cục Hải quan TPHCM có kế hoạch và giải pháp đôn đốc thu hồi, xử lý nợ cũ và không để nợ mới phát sinh. Tại hội nghị giao ban trực tuyến quý III năm 2017 ngày 5/10/2017 của ngành hải quan, người phụ trách công tác quản lý nợ của đơn vị cũng đã cam kết sẽ hoàn thành chỉ tiêu thu hồi và xử lý nợ cũ (phát sinh trước ngày 1/1/2017) do TCHQ giao ngay trong năm 2017 (trên 900 tỷ đồng).
Trong năm 2016, tổng số nợ đã thu hồi và xử lý của toàn ngành hải quan là 562 tỷ đồng, đạt gần 96% so với chỉ tiêu giao (586,3 tỷ đồng).