Theo kết luận của Kiểm toán Nhà nước về dự án đường sắt Cát Linh – Hà Đông, Bộ GTVT - chủ đầu tư dự án đã dự toán một số hạng mục công việc xây lắp, mua sắm vật tư, thiết bị chưa phù hợp quy định, làm tăng giá trị dự toán các hạng mục công trình.
Cụ thể, Bộ GTVT áp sai giá nhân công xây dựng với số tiền hơn 222 tỷ đồng. Trong đó, phần cầu tăng gần 72 tỷ đồng, nhà ga trên cao tăng 101 tỷ đồng, khu depot tăng hơn 42 tỷ đồng, phần đường ray tăng 4,7 tỷ đồng và đường tránh quốc lộ 6 tăng 1,7 tỷ đồng.
Giải trình trong văn bản gửi Thủ tướng mới đây, Bộ GTVT cho rằng, thêm điểm phê duyệt dự án nghị định 70/2011 đã hết hiệu lực và được thay thế bằng nghị định 103/2012. Do đó, Cục Đường sắt đã gửi văn bản tham vấn ý kiến UBND TP.Hà Nội về mức lương mới. Tuy nhiên, Hà Nội không có văn bản trả lời, nên quá trình lập, thẩm tra, thẩm định dự toán chủ đầu tư đã căn cứ theo Nghị định 103.
Vì vậy, Bộ GTVT mong Thủ tướng xem xét, thống nhất việc áp dụng đơn giá nhân công cho dự án như trên để phê duyệt dự toán.
Tuy nhiên, ngày 26/6, Phó Thủ tướng Lê Văn Thành có văn bản khẳng định vấn đề trên không thuộc thẩm quyền của Thủ tướng. Thủ tướng giao Bộ GTVT phối hợp với Bộ Xây dựng và UBND TP.Hà Nội giải quyết theo quy định pháp luật về quản lý chi phí đầu tư xây dựng công trình này.
Tới nay dự án đường sắt Cát Linh – Hà Đông đã xong toàn bộ hoạt động thi công, đánh giá an toàn hệ thống, nhưng gần 2 tháng nay vẫn chưa được Hội đồng kiểm tra nhà nước công trình xây dựng (Bộ Xây dựng) cho ý kiến. Do đó, tuyến đường sắt này vẫn chưa đủ thủ tục để Bộ GTVT bàn giao cho UBND TP.Hà Nội khai thác thương mại.