Cụ thể, năm 2006, UBND TP Hà Nội khi tiến hành thanh tra gói thầu CP1-Nhà máy cấp nước thuộc Dự án đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng đô thị Bắc Thăng Long – Vân Trì, Hà Nội đã không thực hiện đúng quy định hoạt động thanh tra. Cuộc thanh tra này đã không được kết luận thanh tra mặc dù đã có kết quả thanh tra của Đoàn thanh tra.
TTCP cho rằng một số nội dung kết luận, kiến nghị của các cơ quan kiểm toán, điều tra, xét xử liên quan đến dự án này đều không được UBND thành phố đốc thúc chỉ đạo triệt để, có tính chất buông xuôi trong thời gian dài, dẫn đến việc thu hồi số tiền sai phạm về ngân sách Nhà nước bị thất thoát.
Theo TTCP đến nay những khoản tiền sai phạm đã được các cơ quan chức năng khác kết luận liên quan đến Dự án đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng đô thị Bắc Thăng Long – Vân Trì, Hà Nội, còn gần 100 tỷ đồng chưa được thực hiện. Cụ thể, trên 81 tỷ đồng được Kiểm toán Nhà nước kết luận, kiến nghị từ năm 2008 chưa được thu hồi; trên 16 tỷ đồng được Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại Hà Nội tuyên thu hồi tại Bản án ngày 15/5/2013 cũng chưa được thực hiện.
