Theo Nature Index 2018, các đơn vị có tên trong top 10 cơ sở giáo dục ĐH, các tổ chức nghiên cứu của Việt Nam lần lượt (xếp theo tổng số bài báo và điểm) là Trường ĐH Khoa học tự nhiên, ĐH Quốc gia Hà Nội; Trường ĐH Bách khoa Hà Nội; Đơn vị Nghiên cứu lâm sàng ĐH Oxford (một dự án hợp tác của Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP.HCM và Bệnh viện Bệnh nhiệt đới quốc gia); Bệnh viện Bệnh nhiệt đới (TP.HCM); Viện Truyền nhiễm và bệnh nhiệt đới quốc gia; Trường ĐH Khoa học và Công nghệ Hà Nội (tức Trường đại học Việt Pháp); ĐH quốc gia TP.HCM; Trường ĐH Tôn Đức Thắng; Trường ĐH Duy Tân.
Năm 2017, lần đầu tiên Nature Index công bố, Viện Hàn lâm khoa học công nghệ Việt Nam đứng vị trí thứ nhất. Năm nay, Viện vẫn giữ vị trí này. Tuy nhiên, ở lần công bố này, trường ĐH Bách khoa Hà Nội chưa có mặt trong top 10 của Việt Nam nhưng ở lần này trường giữ vị trí thứ 3 về số lượng bài báo, đồng vị trí thứ 2 về điểm (cùng với Trường ĐH khoa học tự nhiên, ĐH Quốc gia Hà Nội).
Điểm số của Trường ĐH Bách khoa Hà Nội năm nay cho thấy tính nội lực của công bố của đơn vị này cao nhất trong 3 đơn vị đứng đầu (5 bài với điểm số 2.21 so với 28 bài cho cùng điểm số của Trường ĐH Khoa học tự nhiên, ĐH quốc gia Hà Nội và và 32 bài cho điểm số 2.60 của Viện Hàn lâm khoa học và công nghệ Việt Nam). Trong đó công trình của nhóm GS. Nguyễn Văn Hiếu - ITIMS có đóng góp cao nhất (1.0/2.21); nhóm TS. Nguyễn Đức Dũng - AIST (0.83/2.21), nhóm TS. Nghiêm Thị Minh Hòa - AIST (0.17/2.21).
Trường ĐH Việt Nam hiện có gần 950 nhóm nghiên cứu
Theo GS.TSKH Nguyễn Đình Đức, Ban đào tạo, ĐH Quốc gia Hà Nội trước đây, hoạt động nghiên cứu khoa học, gắn kết chặt chẽ đào tạo với nghiên cứu thường chỉ được chú trọng ở các ĐH lớn. Nhưng sau khi có Nghị quyết 29 về đổi mới căn bản và toàn diện giáo dục và đào tạo, để nâng cao chất lượng giáo dục ĐH, hoạt động đào tạo gắn với nghiên cứu được Bộ GD&ĐT quan tâm chỉ đạo triển khai ở tất cả các trường ĐH.
Các trường đại học đã chú trọng xây dựng các nhóm nghiên cứu (NNC) để tăng cường hoạt động nghiên cứu khoa học và công bố quốc tế. Ngoài hai ĐH Quốc gia, nhiều trường đại học đã xác định mục tiêu phát triển thành các đại học nghiên cứu tiên tiến. Theo báo cáo khảo sát của Bộ GD&ĐT, tính đến hết năm 2017 trong các trường ĐH có 945 NNC, một trường ĐH có trung bình 7 NNC trong đó cơ sở đào tạo có nhiều nhóm nghiên cứu nhất là Trường ĐH Bách khoa Hà Nội, ĐH Đà Nẵng, ĐH Quốc gia TP. Hồ Chí Minh, ĐH Quốc gia Hà Nội, ĐH Tây Nguyên,..
Nếu như trước đây, GS, PGS,TS không yêu cầu bắt buộc có công bố quốc tế, thì nay, với quy chế mới về tiêu chuẩn chức danh, bắt buộc yêu cầu GS, PGS và cả các nghiên cứu sinh khi bảo vệ luận án đều phải có công bố quốc tế.
GS. Nguyễn Đình Đức cho hay, nếu như năm 2006, mới có nghiên cứu sinh Trần Hữu Nam, ngành toán của trường ĐH Khoa học Tự nhiên, ĐH Quốc gia Hà Nội lần đầu tiên làm tiến sĩ trong nước đã công bố được 1 bài ISI trong quá trình làm luận án thì nay nhiều nghiên cứu sinh của các trường ĐH khi bảo vệ luận án TS đều đã có công bố quốc tế ISI,....
GS. Nguyễn Đình Đức cung cấp thêm thông tin năm 2013, trước khi có NQ 29, tổng công bố quốc tế của cả Việt Nam hết sức khiêm tốn, ở mức 2309 bài, thì theo thống kê mới đây nhất của nhóm nghiên cứu độc lập của ĐH Duy Tân, tính từ 2017 đến thời điểm công bố vào tháng 6/2018, chỉ riêng các công bố quốc tế của 30 trường đại học Việt Nam hàng đầutrong danh sách này đã đạt 10.515 bài, và hơn cả giai đoạn 5 năm trước 2011-2015,khi đó toàn Việt Nam, trong 5 năm mới có 10.034 bài.
