Trong đó, 18/34 lượt ý kiến nhất trí mô hình UBCKNN độc lập và trực thuộc Chính phủ để quyết định nhiều vấn đề trực tiếp hơn theo thông lệ quốc tế. Bên cạnh đó, có 11/34 lượt ý kiến cho rằng, mô hình UBCKNN trực thuộc Bộ Tài chính đã và đang hoạt động tốt, phù hợp với chủ trương của Đảng, Nghị quyết của Quốc hội, tuy nhiên, cần quy định theo hướng tăng thẩm quyền, bảo đảm tính độc lập cho UBCKNN trong hoạt động. Một số ý kiến khác cho rằng, dù theo mô hình nào cũng cần bảo đảm tính độc lập cho UBCKNN trong hoạt động để có đủ thẩm quyền trực tiếp tổ chức quản lý và giám sát toàn diện thị trường chứng khoán.
Về vấn đề này, Ủy ban Kinh tế đưa ra ba phương án. Trong đó, phương án 1 là UBCKNN trực thuộc Bộ Tài chính như Chính phủ trình, nhưng có chỉnh lý theo hướng bổ sung thêm một số quyền hạn, nhiệm vụ. Còn phương án 2, UBCKNN trực thuộc Bộ Tài chính, nhưng cần tăng thêm tính độc lập, thẩm quyền cho sát với pháp luật của những nước có mô hình tương tự.
Cụ thể, Chủ tịch UBCKNN phê duyệt Điều lệ của Sở giao dịch chứng khoán và Tổng Công ty lưu ký; bổ nhiệm, miễn nhiệm Chủ tịch và thành viên Hội đồng thành viên hoặc Chủ tịch và thành viên Hội đồng quản trị, Ban Kiểm soát (Kiểm soát viên) của hai đơn vị này. Ngoài ra, phương án này còn quy định: UBCKNN là người đứng đầu, chịu trách nhiệm trước pháp luật về tổ chức và toàn bộ hoạt động của UBCKNN. Chủ tịch UBCKNN do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Đa số Thường trực Ủy ban Kinh tế đề xuất lựa chọn phương án 2 này.
Còn phương án 3, UBCKNN độc lập, trực thuộc Chính phủ. Theo phương án này, UBCKNN có quyền chủ động xây dựng chiến lược, đề xuất chính sách với Chính phủ về chứng khoán; là cơ quan đại diện chủ sở hữu Nhà nước của Sở giao dịch chứng khoán và Tổng Công ty lưu ký, có đầy đủ quyền hạn quản lý và giám sát toàn diện thị trường.
