Vào lúc 18h15 phút tối 10/1/2020, người dân địa phương phát hiện ngọn lửa cháy tại hạng mục Tam bảo chùa Cự Đà, ngay sau đó, UBND huyện Gia Lâm đã chỉ đạo lực lượng Phòng cháy chữa cháy công an huyện Gia Lâm, UBND xã Đa Tốn cùng nhân dân địa phương đã triển khai các phương tiện chữa cháy và khống chế dập tắt ngọn lửa vào lúc 20h15 phút cùng ngày.
Hạng mục Tam bảo chùa Cự Đà bao gồm Tiền đường-Thượng điện của chùa đã bị cháy. Cụ thể đã sập phần mái, than hóa các cấu kiện cột, vì kèo và hệ thống đồ thờ trong di tích. Các hạng mục kiến trúc khác của chùa: Tam quan, hành lang, nhà Tổ, nhà Mẫu và các hạng mục khác của chùa vẫn đảm bảo an toàn.
Tại buổi làm việc sáng sớm 11/1, đại diện BQL di tích danh thắng, địa phương và nhà chùa thống nhất các biện pháp khắc phục bước đầu: Ổn định an ninh trật tự của địa phương, đảm bảo an toàn cho nhân dân và địa phương về di tích; xử lý kỹ thuật chuyên ngành về phòng cháy chữa cháy và bảo tồn bảo quản di tích để xác định nguyên nhân gây cháy, các thiệt hại về di tích lịch sử văn hóa để làm căn cứ đề xuất phương án khắc phục tiếp theo trình cấp thẩm quyền xem xét quyết định.
Di tích chùa Cự Đà, xã Đa Tốn, huyện Gia Lâm đã được xếp hạng cấp Quốc gia tại Quyết định số 310 QĐ/BT ngày 13/02/1996 của Bộ Văn hóa-Thông tin, hiện do UBND huyện Gia Lâm quản lý trực tiếp theo phân cấp của Thành phố. Di tích được UBND TP. Hà Nội đầu tư, tu bổ năm 2008-2009 và là công trình kỷ niệm 1000 năm Thăng Long Hà Nội.