Đơn tố cáo đề cập tới 6 nội dung, gồm: Thiếu trách nhiệm trong công tác quản lý dự án để nhà thầu vi phạm các quy định về quản lý chất lượng công trình đối với gói thầu A1, A2, A3 đoạn WB và gói thầu 4, 5 đoạn JICA; Che giấu thông tin nứt dọc bê tông nhựa, nguy cơ phá hoại đường chắn có cốt trên đoạn MSE- gói 5JICA; Cho phép nhà thầu đắp đá khi chưa duyệt BVTC, đồng thời phát sinh khối lượng đắp đất đá lớn (>20 tỷ) mà không báo cáo VEC, kiểm tra hiện trường thiếu trách nhiệm gói thầu A1, A2; Duyệt đường gom giá trị lớn (>20 tỷ) không thông qua các phòng tham mưu của Ban, cố thực hiện sai quy trình xử lý hồ sơ quy định trong quy chế Ban QLDA; Chỉ đạo tư vấn giám sát, nhà thầu, cán bộ Ban QLDA nghiệm thu khống số liệu đường lộ đá tại Km90 gói thầu A2; Thao túng quyền lực, trù dập cán bộ, hành vi tham nhũng...
Trong 6 nội dung tố cáo, VEC xác định nhiều nội dung không có cơ sở, nhưng khẳng định ông Thành có một số vi phạm về quy chế hoạt động của Ban quản lý, không báo cáo kịp thời một số vụ việc cụ thể về VEC để có phương án chỉ đạo kịp thời… Cụ thể: Về nội dung không xử lý loại bỏ vật liệu đắp K95 không bảo đảm chất lượng tại gói thầu số 5 từ Km41-Km42 và các nhánh, trạm dịch vụ thuộc nút giao Hà Lam, đoàn xác minh VEC cho rằng nội dung giải trình của ông Thành và tư vấn giám sát không thống nhất. Có sự quản lý không chặt chẽ về chất lượng và thiếu thông tin quản lý dự án.
Đặc biệt, đoàn xác minh VEC kết luận trách nhiệm của ông Thành là không chỉ đạo thi công rãnh dọc thoát nước mặt và hệ thống thoát nước ngầm kiểu Pháp dưới rãnh dọc đồng thời với quá trình thi công tường chắn MSE hoặc ngay sau khi dự án đưa vào thông xe kỹ thuật (2/8/2017), mà phải đến ngày 20/11/2017 mưa lớn mới phải xử lý hiện trường. Kết luận khẳng định ông Thành không báo cáo kịp thời các biện pháp khắc phục về VEC để Tổng công ty biết được và có phương án chỉ đạo kịp thời.
Ngoài ra, về nội dung tố cáo ông Nguyễn Tiến Thành vi phạm quy trình xử lý hồ sơ, vi phạm quy chế hoạt động của BQL, bỏ qua vai trò tham mưu của phòng tham mưu, đoàn xác minh xác định có cơ sở một phần. Ông Thành có xem xét nhưng không sử dụng ý kiến tham mưu của phòng kế hoạch tài chính mà sử dụng ý kiến tham mưu của nhân viên kỹ thuật văn phòng hiện trường trực tiếp theo dõi gói thầu số 5, để ký trình hồ sơ báo cáo VEC nội dung hồ sơ. Như vậy, nếu xảy ra thiếu sót thì ông Thành phải hoàn toàn chịu trách nhiệm.
Kết luận, VEC đã yêu cầu ông Nguyễn Tiến Thành kiểm điểm rút kinh nghiệm. Ngoài ra, về công tác quản lý chất lượng với vai trò là người đứng đầu Ban QLDA phải có đề xuất và thực hiện các công tác quan trắc đoạn tường chắn MSE và đề xuất các giải pháp xử lý (nếu có hiện tượng mất an toàn công trình) nhằm đảm bảo ổn định lâu dài cho công trình.
Các tồn tại trong quá trình thực hiện dự án trước thời điểm ông Thành nhận nhiệm vụ giám đốc (tháng 9/2017) thì không chỉ trách nhiệm riêng của ông Nguyễn Tiến Thành mà có trách nhiệm của cá nhân người đứng đầu, tập thể Ban QLDA, các cá nhân phụ trách các Phòng và phụ trách các gói thầu có liên quan. Yêu cầu tập thể lãnh đạo Ban QLDA, lãnh đạo các phòng có liên quan, các cá nhân phụ trách hợp đồng các gói thầu có các tồn tại nêu trên kiểm điểm rút kinh nghiệm. Đồng thời nêu rõ trách nhiệm của tư vấn giám sát và nhà thầu, yêu cầu báo cáo và đề xuất các biện pháp quản lý và khắc phục dứt điểm các tồn tại trong giai đoạn bảo hành công trình.
