Phía trong, diện tích đất đáng ra dành để phát triển dịch vụ vận tải thuỷ nay được cắt ra cho thuê kho bãi, nhà hàng, trụ sở công ty.
Thậm chí, một nhà máy trộn bê tông quy mô lớn của Công ty Sông Đà – Việt Đức cũng đặt ngay trong Cảng.
Một khu biệt thư rộng hàng nghìn ha cũng tồn tại tại đây từ nhiều năm nay. Theo đại diện Cảng vụ Hà Nội, Khu biệt thự này một giai đoạn dài bị đình chỉ vì vướng thủ tục pháp lý nhưng hiện đã cơ bản hoàn thành, đã được đưa vào sử dụng.
Cảng Hà Nội cũng trở thành nơi tập hợp nhiều gara ô tô, thành điểm tập trung của dân chơi xe ô tô độ ở Hà Nội.
Sau khi mua Tổng Cty Vận tải đường thuỷ, Cty Vạn Cường cũng cho chuyển toàn bộ phòng ban của Tổng Cty Vận tải đường thuỷ về Cảng Hà Nội; còn trụ sở chính cho thuê.
Cảng Hà Nội nhìn từ trên cao.
Dù đây là cảng đường thuỷ nhưng hàng hoá đến và rời cảng này hầu hết bằng đường bộ.
Hiện chỉ còn 3/9 cầu cảng của Cảng Hà Nội hoạt động cầm chừng.
Hình ảnh nhiều cầu cảng một thời là biểu tượng quan trọng của ngành đường thuỷ giờ để không, cây dại mọc phủ kín.
Vào năm 2014, khi tiến hành cổ phần hóa Tổng Cty Vận tải thủy (VIVASO) - đơn vị sở hữu các cảng sông lớn nhất miền Bắc (cảng Hà Nội, cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc, cảng Hòa Bình, cảng Hà Bắc) và đội tàu sông quy mô lớn, những người trong ngành đường thuỷ mong có luồng gió mới. Đến nay, sau ít nhất 2 năm, khi VIVASO được Công ty Liên hợp xây dựng Vạn Cường mua lại (Cty Vạn Cường chiếm ít nhất 70% cổ phần), lĩnh vực vận tải thủy của VIVASO đang có dấu hiệu chết yểu.
Sau khi mua lại VIVASO, hoạt động sôi động nhất của Cty Vạn Cường chính là cho thuê trụ sở, kho bãi. Tòa nhà trụ sở chính của VIVASO ở Nguyễn Văn Cừ được cho thuê. Tổng Cty dồn trụ sở về cảng Hà Nội. Trên website, tổng công ty này rao cho thuê hầu hết các trụ sở làm việc của chi nhánh, kho bãi ở các cảng, không thấy bất cứ thông tin nào về đầu tư phát triển liên quan đến vận tải thủy.
Theo giá thị trường, mỗi m2 kho khu vực quận Hai Bà Trưng, Hà Nội (nơi Cảng Hà Nội đóng chân) có giá thuê 90 nghìn đồng/m2/tháng. Với tổng diện tích đất rộng hơn 14 ha, số tiền cho thuê đất, thuê kho được thu về ước khoảng 10 tỷ đồng/tháng, hơn 100 tỷ đồng/năm. Trong khi, tổng giá trị của VIVASO được bán quan đấu giá chỉ hơn 400 tỷ bao gồm toàn bộ 5 cảng, nhiều trụ sở lớn tại miền Bắc và đội tàu sông, sà lan vào loại lớn nhất Miền Bắc.
Lãnh đạo Cục Đường thuỷ cho hay, theo quy định thiết kế cảng sông, diện tích kho bãi phải tương đương với năng lực vận tải đường sông. Nếu VIVASO không tập trung phát triển ngành vận tải thuỷ, sẽ đề nghị các địa phương thu hồi đất.