Theo Quyết định số 1311/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, BQLDA Mỹ Thuận là đơn vị sự nghiệp công lập và là BQLDA chuyên ngành giao thông trực thuộc Bộ GTVT; có chức năng, nhiệm vụ quản lý dự án, tư vấn quản lý dự án và chủ đầu tư các dự án theo quy định của pháp luật; hoạt động theo cơ chế tự chủ về tài chính, tự bảo đảm chi thường xuyên, có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, có trụ sở tại TP Hồ Chí Minh.
Thực hiện Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Bộ GTVT ban hành các quyết định về công tác cán bộ để đơn vị này sớm đi vào hoạt động. Cụ thể, Bộ trưởng Bộ GTVT quyết định điều động, bổ nhiệm ông Trần Văn Thi - Thành viên Hội đồng thành viên, Tổng Giám đốc Tổng Công ty Đầu tư phát triển và Quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long (TCT Cửu Long) giữ chức Giám đốc BQLDA Mỹ Thuận.
Điều động, bổ nhiệm ông Phan Duy Lai (Phó Tổng Giám đốc TCT Cửu Long) và ông Diệp Bảo Tuấn (Phó Tổng Giám đốc TCT Cửu Long) giữ chức Phó Giám đốc BQLDA Mỹ Thuận; bà Đinh Thị Thúy Hà (Kế toán trưởng TCT Cửu Long) giữ chức Kế toán trưởng BQLDA Mỹ Thuận. Ông Châu Bá Hải (Thành viên Hội đồng thành viên TCT Cửu Long) được giao làm Quyền Chủ tịch Hội đồng thành viên TCT Cửu Long.
Bộ trưởng Bộ GTVT yêu cầu tập thể lãnh đạo đơn vị tham mưu cho lãnh đạo bộ chuyển các dự án đang được TCT Cửu Long quản lý sang BQLDA Mỹ Thuận, đồng thời hoàn thiện các thủ tục hành chính để việc chuyển giao được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật. Song song đó, phối hợp với TCT Cửu Long hoàn thiện các thủ tục để chuyển TCT Cửu Long về Tổng Công ty Đầu tư và phát triển đường cao tốc Việt Nam.
Bộ trưởng Bộ GTVT bày tỏ kỳ vọng BQLDA Mỹ Thuận sẽ thực hiện và hoàn thành tốt các nhiệm vụ được giao và sẽ sớm trở thành BQLDA tốt nhất của Bộ GTVT.
Được biết, trong khối BQLDA của Bộ GTVT, ngoài BQLDA Mỹ Thuận còn có BQLDA Đường Hồ Chí Minh, BQLDA Thăng Long, BQLDA Đường sắt, BQLDA 2, BQLDA 6, BQLDA 7 và BQLDA 85.