Ngày 17/5/1998, PC44 bắt tạm giam ông Huỳnh Văn Nén do nghi ngờ ông giết bà Lê Thị Bông tại nhà của bà ở thôn 2 (xã Tân Minh, nay là thị trấn Tân Minh, Hàm Tân, Bình Thuận).
Nguyễn Thọ, ảnh chụp trước năm 1998.
Ngày 26/8/2000, anh Nguyễn Phúc Thành tố cáo Nguyễn Thọ (Chín điếc) và Hồ Văn Việt (đã chết) cùng ở xã Tân Minh là thủ phạm giết bà Bông, trong đó Nguyễn Thọ là kẻ dùng dây xiết cổ bà Bông. Tuy nhiên, ngày 31/8/2000 TAND tỉnh Bình Thuận vẫn tuyên phạt ông Nén mức án tù chung thân về tội giết bà Lê Thị Bông.
Ngày 20/10/2000, LS Nguyễn Hồng Hà, Đoàn Luật sư tỉnh Khánh Hòa, khi đó đang bào chữa cho các bị cáo “vụ án vườn điều” có đơn gửi Chánh án TAND Tối cao, Viện trưởng VKSND Tối cao, nêu nội dung anh Nguyễn Phúc Thành tố cáo và đề nghị kháng nghị giám đốc thẩm bản án vụ bà Bông để hủy án điều tra lại, tránh những sai lầm trong việc điều tra, truy tố, xét xử, có khả năng dẫn đến việc làm oan nhiều người vô tội và bỏ lọt tội phạm.
Ngày 23/10/2000, ông Nén làm đơn kháng cáo, xin giảm nhẹ hình phạt. Ngày 28/10/2000 và ngày 2/7/2001, báo Tiền Phong cũng có bài về việc ông Nén có thể bị oan, đề nghị điều tra lại vụ án. Tuy nhiên, đơn của ông Nén và của LS Nguyễn Hồng Hà cùng với ý kiến của báo Tiền Phong đã bị bỏ qua.
Nếu có tìm được Nguyễn Thọ, và anh ta có khai nhận tội giết bà Lê Thị Bông như bị tố cáo hay không, cũng không đủ căn cứ kết tội ông Nén phạm tội giết bà Bông.
Ông Nguyễn Thận, nguyên Chủ tịch UBND xã Tân Minh, nguyên Phó Chủ tịch Ủy ban MTTQ Việt Nam huyện Hàm Tân
Nhận thấy có nhiều thiếu sót, vi phạm nghiêm trọng trong mọi khâu của quá trình điều tra, xét xử vụ án Huỳnh Văn Nén, ngày 12/11/2014 TAND Tối cao có quyết định giám đốc thẩm, hủy phần tội danh và hình phạt đối với ông Huỳnh Văn Nén tại bản án hình sự sơ thẩm ngày 31/8/2000 của TAND tỉnh Bình Thuận, giao hồ sơ về cấp sơ thẩm để điều tra lại.
Ngày 6/1/2015, Cơ quan CSĐT, Công an tỉnh Bình Thuận đã tiếp nhận hồ sơ vụ án để điều tra lại, ra lệnh tạm giam 4 tháng đối với bị can Huỳnh Văn Nén.
Sau đó, VKSND tỉnh Bình Thuận đã hai lần gia hạn tạm giam ông Nén đến ngày 6/1/2016. Ngày 22/10, ông Nén được tại ngoại để chữa bệnh.
Khi vụ án được điều tra lại, bảy LS đã đăng ký bào chữa cho bị can Huỳnh Văn Nén, là LS Phạm Công Út, LS Lê Thị Minh Nhân, LS Bùi Quang Nghiêm, LS Bùi Đức Trường (Đoàn Luật sư thành phố Hồ Chí Minh), LS Trần Văn Đạt (Đoàn Luật sư tỉnh Bình Thuận), LS Trần Vũ Hải và LS Nguyễn Văn Quynh (Đoàn Luật sư Hà Nội).
Theo các LS, từ ngày điều tra lại vụ án Huỳnh Văn Nén đến nay đã gần 10 tháng, nhưng Cơ quan điều tra Công an tỉnh Bình Thuận không thu thập được bằng chứng để kết tội ông Nén, cũng như làm rõ những yêu cầu tại quyết định giám đốc thẩm của TAND Tối cao.
Các LS đã 3 lần yêu cầu đình chỉ bị can và trả tự do cho ông Nén, nhưng hiện nay Cơ quan điều tra và VKSND tỉnh Bình Thuận mới giải quyết cho ông Nén tại ngoại để chữa bệnh.